Sabe-se que em atividades de água corrente ou quando expostos a ventos e ondas, os Veículos Autônomos de Superfície (VASs) estão expostos aos cenários mais desafiadores. Nessas condições, o conhecimento de um modelo matemático robusto é um aspecto fundamental para o ajuste do sistema de controle. Constituindo, portanto, premissa básica para alcançar segurança e desempenho nos cenários de incertezas. E neste contexto que este trabalho apresenta uma nova metodologia de identificação a partir do uso de múltiplos sinais de identificação. Nesta perspectiva, o experimento de identificação é composto por múltiplos sinais otimizados do tipo Amplitude-modulated PseudoRandom Binary Signal (APRBS). Estes são projetados para excitar distintas amostras no torno da estimação inicial do sistema e são otimizados por uma topologia composta pelo Particle Swarm Optimization (PSO) e Método dos Pontos-Interiores (MPI). Através deste artifício busca-se ampliar a capacidade de excitação do experimento e, portanto, proporcionar a estimação de modelos paramétricos mais robustos e confiáveis. Para verificar a eficácia da metodologia, um problema de modelagem do VAS do tipo catamarã foi escolhido. Os resultados demostraram alta similaridade entre os modelos estimados e a embarcação real em todas as etapas, inclusive nos diversos testes de validação. Portanto, demonstrando a aplicabilidade do método proposto e sua capacidade de produzir modelos paramétricos mais robustos e confiáveis.