Deteksi Virus Tungro pada Gulma Padi Sawah Menggunakan Teknik PCR

Abstract

Virus tungro disease is a serious problem to rice crop in a certain area of rice production in Indonesia. The disease is caused by a combined infection of Rice Tungro Bacilliform Virus (RTBV) and Rice Tungro Spherical Virus (RTSV). Both viruses were reported to infect ratoon rice plants, weeds, and wild rice. The study was conducted to detect RTBV and RTSV on some weeds. Weed samples were collected from rice fields in West Java, Bali, West Nusa Tenggara, Papua, and West Sumatera. The detection of RTBV and RTSV were carried out using Polymerase Chain Reaction (PCR) and Reverse Transcription (RT) – PCR, employing coat protein gene specific primers. RTBV specific DNA fragment of ~1400 bp size was successfully amplified from various weed species including: F. miliacea, C. iria, M. vaginalis, L. adscendens, S. zeylanica, D. sanguinalis, and E. crusgalli. RTSV specific DNA fragment of ~787 bp size was successfully amplified from weed species of F. miliacea, L. octovalvis, and D. sanguinalis. RTBV or RTSV specific DNA fragment was not amplified from L. flava and P. distichum. Weed samples infected by both viruses did not show any tungro symptom. Virus detection based on molecular technique was able to determine the status of weed whether it is as an alternate host of viruses. Weeds sanitation prior to rice planting, therefore, should be considered as an integral part of virus disease management.

Epidemiological Study on the Current Status of Rice Tungro Disease in South Sulawesi, Indonesia

“…The weed samples were maintained in a greenhouse room at the Indonesian Rice Tungro Disease Research Center until they were processed further for RTV detection using a PCR method in the laboratory. For RTBV and RTSV detections, the procedures described by (Ladja et al, 2016) was adopted. Rice Tungro Bacilliform Virus (RTBV) detection was initiated with the extraction of the total DNA from fresh leaves of the weed samples, followed by DNA amplification and visualization of the amplified DNA using electro-phoresis.…”

Characterization and Evaluation of Tungro Resistence of Local Rice from Mataram, Toraja, and South Kalimantan

“…Ekstraksi DNA total tanaman padi mengikuti protocol Doyle dan Doyle (1990). Amplifikasi RTBV menggunakan primer spesifik DAF (5'GGAATTCCGGCCCTCAA AAACCTAGAAG-3') dan DAR (5'GGGGGTACCCCC CTCCGATTTCCCATGTATG-3') (Ladja et al, 2016). Mix PCR/rekasi dibuat dengan total volume 12.5 µl terdiri atas DNA sample 1 µl, buffer DreamTaq Green Master Mix PCR 6.25 µl, MgCl 0.25 µl, masing-masing 0.5 µl (primer F&R), dan 4 µl ddH 2 O. Amplifikasi dilakukan sebanyak 35 siklus, yang dimulai pada suhu 94 °C selama 5 menit sebagai denaturasi awal, kemudian 94 °C selama 60 detik sebagai denaturasi siklus pertama, suhu annealing (sesuai primer) selama 1 menit, kemudian elongasi pada suhu 72 °C selama 2 menit, final extention 72 °C selama 10 menit.…”

“…Varietas yang diamplifikasi mewakili masing-masing kategori berdasarkan klasifikasi ketahanan (Tabel 4) berupa rentan (Lakatan Gadur); moderat (Pare Sisaling, Pare Bau, Pelita I/1); dan tahan (Pare Pulu Lallado, Pare Lotto Lotto, Ketan Putih, Padi Bulu Sihoraja). Semua sampel uji berhasil teramplifikasi menggunakan pasangan primer DAF dan DAR dengan target fragmen DNA berukuran ~1400 pb, fragmen DNA yang dihasilkan menandakan bahwa varietal lokal yang diuji terinfeksi RTBV dan sesuai dengan penelitian Ladja et al (2016). Fragmen DNA yang teramplifikasi terlihat memiliki ketebalan yang berbeda untuk setiap varietas uji (Gambar 2).…”

“…Deteksi tungro secara visual tidak memberikan hasil yang akurat, karena gejala tungro hampir sama dengan gejala penyakit akibat virus lainnya. Sehingga untuk konfirmasi keberhasilan penularan dilakukan uji PCR untuk mendeteksi keberadaa virus tungro tersebut di dalam tanaman uji (Ladja et al, 2016). Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh informasi tentang keragaan varietas lokal yang sesuai dengan preferensi petani serta memperoleh varietas lokal yang tahan terhadap tungro.…”

Effect of Eradication of Weeds to the Development of Green Leafhopper Population and Tungro Disease Incidence on Rice

“…Pemantauan ratun dan gulma utama inang virus tungro perlu disinkronkan dengan pemantauan keberadaan dan dominasi populasi wereng hijau. Keberadaan populasi N. nigropictus di lapangan dapat menularkan virus tungro dari gulma ke tanaman padi (Khan et al 1991), sehingga dengan eradikasi gulma potensial sebelum penyemaian dan setelah tanam menjadi tindakan yang komplementer dengan pengendalian penyakit tungro (Ladja et al 2016) Daerah dengan pola tanam sama rata, waktu semai yang tepat merupakan strategi awal untuk menghindari infeksi virus tungro di persemaian. Persemaian sebelum terjadi peningkatan populasi wereng hijau dapat mengurangi terjadinya infeksi awal virus tungro di persemaian (Praptana & Yasin 2008).…”