Detecção do Grapevine virus A e Grapevine virus B por hibridização "dot-blot" com sondas moleculares não radioativas

Moreira, Andreia; Gaspar, José Carlos; Kuniyuki, Hugo

doi:10.1590/s0100-41582005000500015

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“…Percebe-se pelos resultados obtidos que a hibridização com sonda não-radioativa pode viabilizar a detecção de diferentes isolados virais em videira de modo eficiente e sensível, tanto em reações homólogas como heterólogas, constituindo-se também em um método de diagnóstico aplicável para um número maior de amostras. Essa versatilidade e sensibilidade das sondas não-radioativas também foi demonstrada por Moreira et al (2005) para a detecção do Grapevine virus A (GVA) e do Grapevine virus B (GVB) em videiras.…”

Section: Hibridização Molecular Com Sondas Não-radioativasunclassified

Variabilidade do gene da proteína capsidial de três espécies virais que infectam videiras no Brasil

Radaelli¹,

Fajardo²,

Nickel³

et al. 2009

Trop. plant pathol.

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RESUMOO objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade de três vírus (Rupestris stem pitting-associated virus -RSPaV, Grapevine leafroll-associated virus 2 -GLRaV-2 e Grapevine fanleaf virus -GFLV) que infectam videiras no Brasil, através da caracterização molecular do gene da proteína capsidial (CP). Foram amplificados fragmentos que compreendem os genes completos da CP de nove isolados de RSPaV (780 pb), seis de GLRaV-2 (597 pb) e três de GFLV (1515 pb) por RT-PCR, utilizando-se oligonucleotídeos específicos para cada espécie viral. Os DNAs amplificados foram clonados e sequenciados. Os isolados de RSPaV foram reunidos em quatro grupos pela análise filogenética das sequências obtidas com valores de identidade de nucleotídeos (nt) que variaram de 81 a 99%. Para GLRaV-2, dois grupos foram definidos a partir das sequências de nt, com valores de identidade que variaram de 88 a 99% e, para GFLV, foram definidos dois grupos, com valores de identidade de nt que variaram de 89 a 98%. Os diferentes isolados das três espécies virais estudadas também foram detectados utilizando-se hibridização com sondas não-radioativas, marcadas com digoxigenina, possibilitando identificar de forma inequívoca as amostras infectadas, independentemente dos isolados virais empregados para síntese das sondas. Palavras-chave: RSPaV, GLRaV-2, GFLV, RT-PCR, Vitis spp., sonda não-radioativa. ABSTRACT Coat protein gene variability of three viral species infecting grapevines in BrazilThe purpose of this study was to evaluate the variability of three viruses (Rupestris stem pitting-associated virus -RSPaV, Grapevine leafroll-associated virus 2 -GLRaV-2 and Grapevine fanleaf virus -GFLV) infecting grapevines in Brazil, through molecular characterization of the coat protein (CP) gene. DNA fragments were amplified comprising the complete CP genes of nine isolates of RSPaV (780 bp), six of GLRaV-2 (597 bp) and three of GFLV (1515 bp) by RT-PCR, using specific primers for each viral species. The amplified DNA fragments were cloned and sequenced. RSPaV isolates were clustered into four groups by phylogenetic analysis of the nucleotide (nt) sequences of the CP gene, showing identity values ranging from 81 to 99%. For GLRaV-2, two groups were defined from nt sequences, with identity values ranging from 88 to 99% and for GFLV, two groups were defined with identity values ranging from 89 to 98%. The isolates of each viral species studied here were detected by non-radioactive probes labeled with digoxigenin, allowing unambiguous identification of infected samples, independent of the isolate used as template for probe synthesis.

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Section: Hibridização Molecular Com Sondas Não-radioativasunclassified