El GOE no pudo rehacer sus contactos ni sus redes nacionales, limitándose a lo poco que le había quedado en Madrid, mientras que zonas como Andalucía o el País Valenciano quedaban desligadas de la obediencia, y solo será a partir de 1901 cuando aparezcan indicios de nuevas tentativas para crear logias, tras alcanzar la Gran Maestría del GOE Emilio Menéndez Pallarés, mientras que Miguel Morayta Sagrario pasaba a ser Gran Comendador del Supremo Consejo del Grado 33 y a presidir el Gran Consejo de la Orden, donde estaban representados los grados superiores, tras la reforma de la Constitución del GOE en 1902. 19 Sin embargo los años posteriores a 1896 son para la masonería española un tiempo de silencio, pero no un periodo vacío, como bien ha matizado Luis P.Martín, 20 con logias dispersas pero que continúan sus trabajos discretamente, al tiempo que se va iniciando una recomposición. Incluso se da el caso de la aparición de nuevas logias, como la Libertad nº 243 de Xàtiva, que tras ser formada unos meses antes, comunicó el 27 de agosto de 1898 en plancha dirigida a Miguel Morayta el acuerdo de solicitar auspicios y Carta Constitutiva al GOE y de la que hemos encontrado noticias al menos hasta junio de 1899, habiendo podido identificar a veintiuno de sus componentes, entre los que destacaban los líderes republicanos setabenses Lino y Vicente Casesnoves. 21 De las doscientas veintidós logias auspiciadas por el GOE, de las que ciento siete estaban radicadas en el extranjero, apenas sobrevivieron veintiséis, que continuaron con sus actividades en estos años difíciles y se reintegraron en el GOE entre 1901 y 1904. Se trataba de catorce logias españolas y el resto radicadas en Argentina, Puerto Rico, Filipinas, Tánger y en los Estados Unidos, donde estaban en activo cinco talleres. 22