Η κατανόηση του συσχετισμού μεταξύ του γονοτύπου και του φαινοτύπου ενός οργανισμού είναι μια από τις κυριότερες προκλήσεις που αντιμετωπίζουν οι επιστήμες ζωής σήμερα. Ένα από τα σημαντικότερα βήματα για την επίτευξη αυτού του σκοπού είναι η χαρτογράφηση του δικτύου πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων (ΔΠΑ) για κάθε είδος οργανισμών και ιδιαίτερα για τον άνθρωπο. Για τον λόγο αυτό, έχουν γίνει μέχρι σήμερα δεκάδες χιλιάδες επιστημονικά πειράματα, που καταγράφουν τμήματα των δικτύων αυτών, τα αποτελέσματα των οποίων συλλέγονται από πρωτογενείς βάσεις δεδομένων πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων. Όμως, διαπιστώνεται ότι αυτές οι βάσεις παρουσιάζουν ιδιαίτερα μικρή αλληλοεπικάλυψη, περιγράφουν τα δεδομένα τους με μη-συμβατούς όρους μεταξύ των βάσεων, και το κυριότερο, περιγράφουν τις καταγεγραμμένες αλληλεπιδράσεις σε διαφορετικά επίπεδα αναφοράς της γονιδιακής πληροφορίας. Λόγω της μη γραμμικής δομής της γονιδιακής πληροφορίας, οι μετατροπές ανάμεσα στα επίπεδα αυτά είναι μη-αντιστρεπτές, και τα παραγόμενα δίκτυα είναι μη-ισομορφικά, με αποτέλεσμα να περιέχουν ασάφειες και ψευδώς θετικά αποτελέσματα. Ο σκοπός της εργασίας αυτής είναι η ανάπτυξη μιας νέας μεθόδου σύνθεσης πολυεπίπεδων δεδομένων, που ονομάζουμε οντολογική σύνθεση, η οποία μπορεί να χρησιμοποιηθεί για προβλήματα όπως τα ανωτέρω. Μέσω της μεθόδου αυτής, δημιουργήθηκε η μετα-βάση δεδομένων για το δίκτυο πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων στον άνθρωπο, PICKLE 2.0 (Protein InteraCtion KnowLedgebasE). Για την εύκολη και γρήγορη κατασκευή και ανανέωση της, αναπτύχθηκε και ένας αυτοματοποιημένος αλγόριθμος ο οποίος βασίστηκε σε νέες δομές δεδομένων που σχεδιάστηκαν για να παρέχουν ειδικές βελτιστοποιήσεις για τα χαρακτηριστικά των βιολογικών δεδομένων. Η PICKLE είναι διαθέσιμη στον ιστότοπο http://www.pickle.gr/.