O alagamento no solo é um fenômeno que reduz a sobrevivência, o crescimento e o desenvolvimento de plantas, podendo ocasionar queda na produtividade quando essas são agricultáveis. O maracujazeiro (Passiflora edulis Sims) é uma frutífera comercial com propriedades medicinais cuja produção incentiva a irrigação; e não são encontrados estudos que apresentem efeitos do excesso de água no solo sobre estas plantas. O objetivo deste trabalho foi verificar alterações morfoanatômicas e fisiológicas no desenvolvimento inicial de plântulas de maracujazeiro expostas a diferentes níveis de água no solo. As plântulas foram organizadas em três tratamentos: solo com capacidade de campo, pré-submergido e alagado. Após sete dias, foram feitas análises de trocas gasosas, potencial hídrico, quantificação de prolina e cortes anatômicos de raízes. O solo alagado influencia as trocas gasosas e afeta negativamente a fotossíntese. Não houve alterações no potencial hídrico nem na quantificação de prolina entre os tratamentos. Os tratamentos pré-submergido e alagado apresentaram aerênquima e aumento no diâmetro das raízes e na espessura das barreiras apoplásticas e do córtex. O maracujazeiro apresentou alterações fisiológicas e anatômicas que permitiram sua sobrevivência em condições pré-submergidas e alagadas, o que significa que plântulas jovens dessa espécie suportam maiores quantidades de água no solo.