Introdução: O controle de qualidade e as boas práticas de manipulação são essenciais para as farmácias magistrais, pois reduz possíveis desvios de qualidades de manipulação/dispensação e a contaminação cruzada que podem ocorrer em diversos pontos da cadeia de produção do medicamento artesanal. Objetivos: Realizar uma revisão integrativa da literatura sobre a observância das boas práticas de manipulação das preparações magistrais e oficinais nos últimos 10 anos na farmácia magistral do Brasil. Metodologia: Foi realizada uma revisão integrativa nas bases de dados Google Scholar, SCIELO e LILACS publicados entre os anos de 2011 à 2021. Utilizaram-se como palavras-chave os termos dos Descritores em Ciências da Saúde (DeCS) em inglês, português e espanhol: “farmácia magistral”, “farmácia de manipulação”, “boas práticas de manipulação”, “contaminação cruzada” e suas combinações. Resultados: Encontrou-se, 3,2% (21/663) de artigos relacionados ao tema desta pesquisa. Entre estes, 62% (13/21) tratavam de controle de qualidade na manipulação de medicamento, 23,8% (5/21) sobre o controle microbiológico, 9,5% (2/21) sobre contaminação cruzada e 4,7% (1/21) sobre o controle de qualidade na dispensação. Conclusão: A presente pesquisa verificou que o método de espectrofotômetria de UV foi o mais usado e o melhor custo benefício para análise de validação de conteúdo das cápsulas e outras formas farmacêuticas, qualidade da matéria-prima e contaminação cruzada. No controle microbiológico, observou-se a elevada frequência de contaminação, principalmente os de origem vegetal, por fungos, coliformes totais e bactérias patogênicas, tais como, Salmonela sp. Em relação ao controle de qualidade na dispensação as principais dificuldades estavam relacionadas à rotulagem, com ausência da identificação do cliente e a posologia da medicação. Estes dados reforçam a importância de conhecer as legislações vigentes, executá-las e possuir um profissional farmacêutico qualificado para garantir a qualidade e segurança do produto manipulado.