Introdução: Doenças sistêmicas não controladas podem acarretar em complicações durante procedimentos cirúrgicos ambulatoriais como, extrações dentarias. Objetivo: Avaliar doenças sistêmicas mais prevalentes e traçar um perfil dos pacientes atendidos no ambulatório de cirurgia da Faculdade de Odontologia da Universidade Federal da Bahia. Método: Estudo transversal com 454 pacientes que procuraram o serviço de cirurgia da Faculdade de Odontologia, as informações foram coletadas a partir de um questionário. Resultados: Predomínio pela faixa etária de 31-50 anos, sexo feminino, melanodermas, solteiros. 14,7% eram tabagistas, 35,9% etilistas, 55,2% com Índice de Massa Corporal indicando sobrepeso ou algum grau de obesidade, 65,9% com circunferência abdominal indicando risco de comprometimento metabólico e 55,9% dos entrevistados alegaram não possuir doenças sistêmicas. As doenças mais prevalentes foram: hipertensão arterial sistêmica (24,1%), gastrite (13,5%) e diabetes (9,4%). Conclusão: Devido à alta prevalência de doenças sistêmicas muitas vezes não controladas associadas aos usuários do ambulatório de cirurgia da Faculdade de Odontologia, os pacientes se beneficiariam de um referencial para atendimento médico ambulatorial afim de que os auxiliassem quanto aos seus problemas clínicos para seguir o tratamento odontológico.