Comparison of MY09/11 consensus PCR and type‐specific PCRs in the detection of oncogenic HPV types

Abstract

The causal relationship between persistent infection with high-risk HPV and cervical cancer has resulted in the development of HPV DNA detection systems. The widely used MY09/11 consensus PCR targets a 450bp conserved sequence in the HPV L1 gene, and can therefore amplify a broad spectrum of HPV types. However, limitations of these consensus primers are evident, particularly in regard to the variability in detection sensitivity among different HPV types. This study compared MY09/11 PCR with type-specific PCRs in the detection of oncogenic HPV types. The study population comprised 15, 774 patients. Consensus PCR failed to detect 522 (10.9%) HPV infections indicated by type-specific PCRs. A significant correlation between failure of consensus PCR and HPV type was found. HPV types 51, 68 and 45 were missed most frequently. The clinical relevance of the HPV infections missed by MY09/11 PCR was reflected in the fraction of cases with cytological abnormalities and in follow-up, showing 104 (25.4%) CIN2+ cases. The MY09/11 false negativity could be the result of poor sensitivity, mismatch of MY09/11 primers or disruption of L1 target by HPV integration or DNA degradation. Furthermore, MY09/11 PCR lacked specificity for oncogenic HPVs. Diagnostic accuracy of the PCR systems, in terms of sensitivity (MY09/11 PCR: 87.9%; type-specific PCRs: 98.3%) and specificity (MY09/11 PCR: 38.7%; type-specific PCRs: 76.14%), and predictive values for histologically confirmed CIN2+, suggest that type-specific PCRs could be used in a clinical setting as a reliable screening tool.

Circulation of human papillomavirus (HPV) genotypes in women from Córdoba, Argentina, with squamous intraepithelial lesions

“…However, in agreement with other studies, most of the multiple infections in our work were detected in LSIL (57.1%). This could be due to the fact that in high-grade lesions, the viral DNA is integrated into the host's genome, which leads to partial loss of the region of the L1 gene, to which the amplification by the MY09/11 primer set is directed 14,32 .…”

Current Problems and Recent Advances in the Molecular Diagnosis of Genital Human Papillomavirus Infections

“…Tipler arası dizi varyasyonlarını telafi etmek için dejenere primerlerin kullanılması nedeniyle her ayrı lot numaralı seride konsantrasyonları kesin olarak belli olmayan 24 farklı primer (16 MY09 ve 8 MY11) bulunur. Bu dizaynın en önemli dezavantajı, test sonuçlarının tekrarlanabilirliğinin düşük olması ve çeşitli çalışmalarla ortaya konmuş olan duyarlılık sorunudur 9,15 . MY09/11 primer sistemi ilk dizayn edildiğinde, HPV tiplerinden sadece HPV-6, 11, 16, 18 ve 33 bilindiğinden, sistem öncelikle bu beş türü tespit edecek şekilde tasarlanmıştır.…”

“…MY09/11 primer sistemi ilk dizayn edildiğinde, HPV tiplerinden sadece HPV-6, 11, 16, 18 ve 33 bilindiğinden, sistem öncelikle bu beş türü tespit edecek şekilde tasarlanmıştır. Bu nedenle yanlış eşleşme olasılığının yüksek olduğu diğer HPV tipleri için duyarlılığın düşük olacağı öngörülebilir 9,32 . Nitekim, yöntemin saptama duyarlılığının HPV tiplerine göre farklılık gösterdiği çeşitli çalışmalarda açıkça ortaya konmuştur 7,9 .…”

“…Bunların en önemlileri; (a) çok sayıda farklı HPV tipinin (> 40) anogenital bölgede enfeksiyon etkeni olarak saptanabilmesi 5 , (b) genomun aynı HPV tipi içinde bile çok sayıda dizi varyasyonları gösterebilmesi 6 , (c) mevcut yöntemlerin saptama duyarlılıklarının test edilecek örnekteki virus kopya sayısı veya enfeksiyon etkeni tiplere göre değişebilme-si [7][8][9] , (d) HPV enfeksiyonlarında klinik seyrin etken HPV tiplerine göre önemli derecede değişkenlik göstermesi 2 , (e) tanı yöntemlerinin kanseröz dönüşüm riskini öngörme, tekrarlayan-persistan enfeksiyonları belirleme ve prekanseröz lezyonların tedavi sonrası takibinde kritik önemi olan tip düzeyinde tanımlama yapabilme ve çoklu enfeksiyonları saptayabilme kabiliyetlerinin farklılığı 8,10,11 , (f) yöntemlerin maliyetleri arasında belirgin farklılıkların olması ve (g) insan genomuna entegre olabilen tiplerde entegrasyon sırasın-da hedef genom bütünlüğünün bozulabilmesi olarak özetlenebilir.…”

Notch is a critical regulator in cervical cancer by regulating Numb splicing

“…No patients with vaginal infection were included. None of the patients enrolled in the present study were receiving drugs, nor had they performed sexual intercourse for 3 days prior to the examination (21). All the samples for TCT detection were harvested following the ThinPrep protocols (Hologic, Inc., Marlborough, MA, USA).…”