Comparison of eight methods to isolate genomic DNA from Hancornia speciosa

Almeida, Viviane Medeiros de; Luz, Gizele de Andrade; Martins, Patrícia Pais; Gomes, Mauricio Francisco; Costa, Marcones Ferreira; Lima, P. S. da C.; Valente, Sérgio Emílio dos Santos

doi:10.4238/gmr16039724

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“…Moreover, DNA extraction by kits has a higher cost, and a few studies in the literature have reported that DNA extraction using a commercial kit generated so little DNA that molecular studies were not possible (Bitencourt et al 2007). Thus, it is important to modify and adapt the protocols described in the literature and adjust the concentrations of reagents to adapt to the existing variation in the chemical composition of plant tissues (Viana et al 2015;Almeida et al 2017).…”

Section: A Simple and Cost-effective Methods For Dna Extraction Suitable For Pcr In "Sucupira Branca"mentioning

confidence: 99%

A simple and cost-effective method for DNA extraction suitable for PCR in “sucupira branca”

et al. 2021

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“Sucupira branca” is a plant found in the Brazilian Cerrado and is adapted to low fertility soils, and its fruit extract has anti-inflammatory, healing, antiulcerogenic, antimicrobial, cercaricidal, leishmanicidal and antioxidant activities. Furthermore, it provides protection against oxidative stress, is a natural biocontrol agent of Aedes aegypti, has very resistant wood, is a melliferous plant and has been used in reforestation programs. The development of conservation strategies is important for maintaining diversity in natural populations of “sucupira branca” since these populations are in the process of genetic erosion. Molecular biology techniques, which are important for characterizing the genetic diversity of plants to develop conservation strategies, require sufficient high-quality genomic deoxyribonucleic acid (DNA). This study aimed to compare five methods to extract DNA from “sucupira branca”. The quality and concentration of DNA were revealed by agarose gel electrophoresis, and only the protocols of Dellaporta, Wood and Hicks et al. (1983) and Khanuja et al. (1999) did not result in satisfactory quantities of DNA. When PCR (Polymerase Chain Reaction) was performed with three inter-simple sequence repeat (ISSR) primers, DNA was successfully amplified from extractions performed with the protocols proposed by Doyle and Doyle (1987), Romano and Brasileiro (1998) and Ferreira and Grattapaglia (1995), which are less expensive than commercial purification kits. These protocols resulted in DNA of sufficient quality and quantity after the amplification reactions were performed.

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Section: A Simple and Cost-effective Methods For Dna Extraction Suitable For Pcr In "Sucupira Branca"mentioning

confidence: 99%

A simple and cost-effective method for DNA extraction suitable for PCR in “sucupira branca”

et al. 2021

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“…However, in the utilization of conventional protocols of extraction, there is the possibility of optimization to minimize the complex formation of DNA with these compounds, besides being a more economical method when compared to commercial kits (Raimundo et al 2018). Thus, there are a great diversity of protocols for the extraction of genomic DNA that were efficient for vegetable species (Viana et al 2015;Almeida et al 2017;Furtado Filho et al 2021;Silva et al 2021).…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Optimized method for dna extraction and PCR amplification in aroeira tree

et al. 2023

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Molecular markers are important tools in the characterization of plant genetic diversity and can provide support for conservation strategies for endangered populations. The different molecular techniques involve the evaluation of many individuals; therefore, it is crucial to have fast, efficient, and inexpensive methods for DNA extraction. Given the importance of the Aroeira (Myracrodruon urundeuva Fr. All.) it is pertinent to optimize a protocol that allows the obtainment of intact and pure DNA, aiming to assist conservation strategies for this species that is threatened with extinction. Thus, this study aimed to compare five DNA extraction methods: Dellaporta et al. (1983), Doyle and Doyle (1987) modified, Ferreira and Grattapaglia (1995), Romano and Brasileiro (2015), and Khanuja et al. (1999) and optimize the most efficient protocol for M. urundeuva. The modified DNA extraction protocol proposed by Doyle and Doyle (1987), using 100 mg of leaf tissue and 6 µl of β-mercaptoethanol was the protocol that presented the sharpest bands after DNA electrophoresis and after the reactions of amplification employing Polymerase Chain Reaction (PCR). Therefore, it is suggested to use the protocol described by Doyle and Doyle (1987) modified for the extraction of DNA from young M. urundeuva leaves to carry out techniques involving molecular markers.

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“…Em linhas gerais, o objetivo de qualquer protocolo de extração consiste na obtenção de um DNA de alta qualidade e com boa concentração, Brazilian Journal of Development, Curitiba, v.7, n.4, p. 35765-35779 apr 2021 de forma rápida, pouco onerosa e eficiente. Dessa forma, estudos básicos sobre métodos de extração de DNA de alta qualidade são cruciais para o desenvolvimento de técnicas moleculares (ALMEIDA et al, 2017;LIMA et al, 2020;SOUSA et al, 2014;VIANA et al, 2015). Esses estudos podem resultar em novas metodologias visando aperfeiçoar a extração do DNA de uma determinada espécie (WALDSCHMIDT, 1997).…”

Section: Introductionunclassified

Comparação de métodos de isolamento do DNA em Handroanthus Serratifolius / Comparison of insulation methods of the DNA in Handroanthus Serratifolius

Filho¹,

Silva²,

Viana³

et al. 2021

BJDV

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RESUMOO ipê-amarelo (Handroanthus serratifolius) é uma espécie com grande potencial econômico devido ao uso da sua madeira e de diversos compostos com propriedades medicinais. Devido a sua importância econômica faz-se necessário o desenvolvimento de estudos moleculares que visam a caracterização genética dessa espécie. Uma vez que os estudos moleculares requerem um DNA puro e íntegro, o objetivo desse trabalho foi avaliar cinco métodos de extração de DNA genômico total em H. serratifolius: Dellaporta et al. (1983), Doyle e Doyle (1987), Clarke et al. (1989), Ferreira e Grattapaglia (1995) e Romano e Brasileiro ( 1998), com o objetivo de modificá-los e identificar o protocolo mais eficiente. O DNA foi extraído do tecido foliar e do caule de árvores de H. serratifolius e foi realizada na presença e na ausência de nitrogênio líquido. Com base nos resultados, foi possível identificar que o protocolo mais eficiente para a extração de DNA em H. serratifolius foi o descrito por Clarke et al. (1989), utilizando-se nitrogênio líquido na maceração. O DNA foliar apresentou uma concentração de 889,4ng/µl, com relação A 260/280 de 2,03 e relação A 260/230 de 0,64. Nos protocolos descritos por Dellaporta et al. (1983), Ferreira e Grattapaglia (1995) e Romano e Brasileiro (1998) obteve-se, respectivamente, os seguintes valores médios de concentração de DNA: 446,3ng/µl, 773,9ng/µl e 529,2ng/µl. A relação A 260/280 foi de 1,87, 1,70 e 2,09; já para a relação A 260/230 os valores obtidos foram 0,73, 1,20 e 0,68, respectivamente. O método descrito por Doyle e Doyle (1987) não apresentou ácido nucleico nas amostras analisadas. Nas extrações em que não utilizou-se nitrogênio líquido, o protocolo mais eficiente também foi o descrito por Clarke et al. (1989), gerando um DNA com concentração de 1371ng/µl, a relação A 260/280 foi de 1,75 e a relação A260/230 foi de 0,95. Entretanto, os outros quatro protocolos também apresentaram resultados satisfatórios em relação à pureza do DNA. Para a extração de DNA a partir do caule, o protocolo mais eficiente, quantitativamente, para a extração de DNA de H. serratifolius foi o descrito por Dellaporta et al. (1983), na ausência de nitrogênio líquido durante a maceração. Sugere-se também o protocolo de Clarke et al. (1989) por ter sido o mais eficiente qualitativamente, na extração de DNA a partir do caule, sem a utilização de nitrogênio líquido.

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Comparison of eight methods to isolate genomic DNA from Hancornia speciosa

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A simple and cost-effective method for DNA extraction suitable for PCR in “sucupira branca”

A simple and cost-effective method for DNA extraction suitable for PCR in “sucupira branca”

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Comparação de métodos de isolamento do DNA em Handroanthus Serratifolius / Comparison of insulation methods of the DNA in Handroanthus Serratifolius

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