Comparison of a Rapid Molecular Method with Conventional Methods for Identification of Mycobacterium tuberculosis complex and Detection of Rifampicin Resistance

Özkarataş, Emre; Özkarataş, Müge Hacer; Özkütük, Ayşe Aydan; Esen, Nuran

doi:10.5222/tmcd.2020.010

Cited by 3 publications

(1 citation statement)

References 22 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Bu çalışmada son beş yılda Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastaneleri Mikobakteriyoloji Laboratuvarları'ndan elde edilen sonuçlar ve klinik yansımalarının irdelenmesi amaçlanmıştır. Son yıllarda ülkemizde TB tanısında sıklıkla kullanılmakta olan moleküler yöntemlerden özellikle GeneXpert MTB/RIF (Cepheid, ABD)'in performansının değerlendirdiği birçok çalışmada sistemin valide olduğu solunum yolu örneklerinde duyarlılığın daha yüksek olduğu (%77,5-100), solunum yolu dışı örneklerde ise duyarlılığın daha düşük olduğu (%63,9-83,3) saptanmıştır [8][9][10][11]. Bizim çalışmamızda ise GeneXpert sisteminin duyarlılığı %96,49, özgüllüğü %99, pozitif tahmin değeri (PTD) %73,3, negatif tahmin değeri (NTD) ise %99,9 olarak tespit edilmiştir.…”

Section: Introductionunclassified

Laboratuvar Gözüyle Beş Yıllık Tüberküloz Deneyimi

Sağıroğlu¹,

Atalay²,

Koç³

et al. 2020

Pamukkale Medical Journal

View full text Add to dashboard Cite

ÖzGiriş: Tüberküloz (TB), geçmişten günümüze önemini yitirmeyen küresel bir sağlık problemidir. TB ile mücadelede laboratuvar verilerinin takibi, değerlendirilmesi ciddi bir öneme sahiptir. Bu çalışmada son beş yılda Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastaneleri Mikobakteriyoloji Laboratuvarlarından elde edilen sonuçlar ve klinik yansımalarının değerlendirilmesi amaçlanmıştır.

show abstract

Section: Introductionunclassified

Laboratuvar Gözüyle Beş Yıllık Tüberküloz Deneyimi

Sağıroğlu¹,

Atalay²,

Koç³

et al. 2020

Pamukkale Medical Journal

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

Türkiye'nin Doğu Anadolu bölgesinden izole edilen M. tuberculosis izolatlarının inhouse PCR yöntemi ile moleküler epidemiyolojik tiplendirilmesi

Aydın

Tarhan

ŞAHİN

et al. 2022

Cukurova Medical Journal

View full text Add to dashboard Cite

Öz Purpose:The aim of this study as to compare microscopy and culture results of samples, determine drug resistance rates of the isolates, evaluate epidemiological relationship between the strains with ERIC-PCR, RAPD-PCR, OUT-PCR based on in house PCR technique. Materials and Methods: Direct microscopy and culture results of 2010 samples were analyzed. Drug sensitivity results were obtained from TULSA. The typing of isolates based on in house PCR was carried out in the microbiology laboratory of a faculty of medicine in a state university. Results: Of positive samples, 2.68% had Acid-resistant bacilli (ARB) positive + culture positivity, 2.93% had ARB positive and culture negative in smear, and 1.34% had ARB negative and culture positivity in smear. Resistance to primary antituberculous (anti-TB) drugs wasn't observed in 33 culture positive isolates, whereas resistance to one or more primary anti-TB drugs was observed in 9.09%. Single drug resistance was 3.03%, resistance to Isoniazid (INH) and INH critical drugs was 6.06%. Isolates were divided 3 groups by ERIC-PCR, 5 groups for OUT-PCR and 6 by RAPD-PCR. Conclusion: Positivity rates were low due to low rate of studied samples, negative samples taken during treatment process. Molecular techniques like ERIC-PCR, RAPD-PCR and OUT-PCR are easy, fast and inexpensive methods for the epidemiological typing of Mycobacterium tuberculosis (MTB) in evaluating distinctions, similarities between origins. Amaç: Örneklerin mikroskopi ve kültür sonuçlarının karşılaştırılması, izolatların ilaç direnç oranlarının belirlenmesi, suşlar arasındaki epidemiyolojik ilişkilerin ERIC-PCR, RAPD-PCR, OUT-PCR ile ev içi PCR tekniğine dayalı olarak değerlendirilmesi amaçlandı. Gereç ve Yöntem: 2010 numunenin direkt mikroskopi ve kültür sonuçları analiz edildi. İlaç duyarlılık sonuçları TULSA'dan elde edildi. İzolatların tiplendirilmesi, bir devlet üniversitesinin tıp fakültesinin mikrobiyoloji laboratuvarında, in house PCR yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Pozitif örneklerin %2.68'inde Aside dirençli basil (ARB) pozitif + kültür pozitifliği, yaymada %2.93'ünde ARB pozitif ve kültür negatif, yaymada %1.34'ünde ARB negatif ve kültür pozitifliği vardı. Kültür pozitif olan 33 izolatta primer antitüberküloz (anti-TB) ilaçlara direnç görülmezken, bir veya daha fazla primer anti-TB ilaca direnç %9.09'da gözlendi. Tek ilaç direnci %3.03, Isoniazid (INH) ve INH kritik ilaçlara direnç %6.06 idi. İzolatlar ERIC-PCR ile 3 gruba, OUT-PCR için 5 grup ve RAPD-PCR ile 6 gruba ayrıldı. Sonuç: Çalışılan numune oranının düşük olması, tedavi sürecinde alınan numunelerin negatif olması nedeniyle pozitiflik oranları düşüktü. ERIC-PCR, RAPD-PCR ve OUT-PCR gibi moleküler teknikler, kökenler arasındaki farklılıkları, benzerlikleri değerlendirmede Mycobacterium tuberculosis'in (MTB) epidemiyolojik tiplendirilmesi için kolay, hızlı ve ucuz yöntemlerdir.

show abstract

Mycobacterium tuberculosis Tanısında İki Farklı Gerçek Zamanlı PCR Yönteminin Değerlendirilmesi

Timur¹,

Parkan²,

KILIÇ>³

et al. 2023

Medical Research Reports

View full text Add to dashboard Cite

Mycobacterium tuberculosis tanısında Ehrlich-Ziehl Neelsen (EZN) gibi aside dirençli boyama yöntemleri hızlı ve uygulaması kolay yöntemler olmasına rağmen kesin sonuç vermemektedir. Kültür yöntemleri altın standart olarak kabul edilmesine rağmen zaman alıcı yöntemlerdir. Nükleik asit amplifikasyon testleri ise sonuç verme süreleri kısa olduğu için tüberkülozun hızlı tanısında çok sık olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmada, tüberküloz şüpheli klinik örneklerde GeneXpert MTB/RIF yöntemi ve artus® MTB-PCR yönteminin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Mikobakteriyoloji Laboratuvarına Ocak-Aralık 2013 tarihleri arasında gönderilen 432 klinik örnek EZN yöntemiyle boyanmıştır. Örnekler homojenize ve dekontamine edildikten sonra, BACTEC MGIT 960 kültür şişeleri ile eş zamanlı olarak Löwenstein-Jensen besiyerlerine ekim yapılmıştır. Nükleik asit amplifikasyon testi olarak örneklerin 196’sında GeneXpert MTB/RIF yöntemi, 236’sında da artus® MTB-PCR yöntemi kullanılmıştır. Toplam 432 klinik örneğin 8’i (%1.9) EZN yöntemi ile, 20’si (%4.6) kültür yöntemleri ile pozitif olarak bulunmuştur. Kültür yönteminin altın standart kabul edildiği bu çalışmada, EZN boyama, artus® MTB-PCR ve GeneXpert MTB/RIF yöntemlerinin duyarlılığı sırasıyla %35, %42.9 ve %83.3; özgüllüğü sırasıyla %99.7 %99.1 ve %97.9 olarak saptanmıştır. Bu çalışmada GeneXpert MTB/RIF ile artus® MTB-PCR yöntemleri tüberküloz tanısında benzer özgüllüğe sahiptir. Fakat GeneXpert MTB/RIF yönteminin yüksek duyarlılığı ve hızlı sonuç vermesi dikkat çekmektedir. Bu iki yöntemin eş zamanlı olarak karşılaştırılmasının, herhangi bir analitik tutarsızlığı kontrol etmeyi mümkün kılacağını değerlendirmekteyiz.

show abstract

Comparison of a Rapid Molecular Method with Conventional Methods for Identification of Mycobacterium tuberculosis complex and Detection of Rifampicin Resistance

Cited by 3 publications

References 22 publications

Laboratuvar Gözüyle Beş Yıllık Tüberküloz Deneyimi

Laboratuvar Gözüyle Beş Yıllık Tüberküloz Deneyimi

Türkiye'nin Doğu Anadolu bölgesinden izole edilen M. tuberculosis izolatlarının inhouse PCR yöntemi ile moleküler epidemiyolojik tiplendirilmesi

Mycobacterium tuberculosis Tanısında İki Farklı Gerçek Zamanlı PCR Yönteminin Değerlendirilmesi

Contact Info

Product

Resources

About