Comparative genomics of the Escherichia coli strains AB1157, AB2463, AB2494 and AB1885

Abstract

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины» Федерального медико-биологического агентства России, Москва, Россия, 119435 Проведено полногеномное секвенирование штаммов AB1157 и его мутантов-AB1885 uvrB5, AB2463 recA13, AB2494 lexA1, дефектных по системам репарации ДНК, рекомбинации и мутагенеза. Установлено, что геномы штаммов AB2463 recA13 и AB2494 lexA1 содержат несколько сотен мутаций, которые отличают их от генома исходного штамма и образовались, по-видимому, при однократном воздействии N-метил-N'-нитро-N-нитрозогуанидина на штамм АВ1157. При этом геном штамма АВ1885 uvrB5, полученного с помощью азотистой кислоты, содержит примерно в 10 раз меньше отличий от родительского штамма. Мутации в геномах штаммов AB2463 recA13 и AB2494 lexA1 представлены преимущественно транзициями GC на АТ, распределены беспорядочно по геному и не совпадают по локализации. В свою очередь вклад спонтанных мутаций в изменения, произошедшие с изученными штаммами за период времени от их выделения до наших дней, незначителен. Также на молекулярном уровне аннотированы ранее известные генетические (фенотипические) маркеры изученного семейства штаммов.