Coinfección natural de virus de ARN en cultivos de papa (<i>Solanum tuberosum</i> subsp. Andigena) en Antioquia (Colombia)

Abstract

Citation/Citar este artículo como: Gallo Y, Sierra A, Donaire L, Aranda M, Gutiérrez PA, Marín M. Coinfección natural de virus de ARN en cultivos de papa (Solanum tuberosum subsp. Andigena) en Antioquia (Colombia). Acta biol. Colomb. 2019;24(3):546-560. DOI: http://dx.doi.org/10.15446/abc. v24n3.79277 RESUMENLas enfermedades virales son uno de los principales problemas fitopatológicos de la papa. Con el fin de determinar los virus más prevalentes en cultivos de papa var. Diacol Capiro en el oriente Antioqueño (Colombia), se evaluó mediante RT-qPCR la presencia de diez virus de ARN (PVY, PVA, PVV, TaLMV, PVS, PLRV, PYVV, PVX, ToRSV y PMTV) en 36 muestras de tejido foliar. Los resultados indicaron la ocurrencia de cinco de los diez virus evaluados, con niveles de prevalencia de 88,9 %, 75 %, 75 %, 41,7 % y 25 % para PVY, PVX, PYVV, PLRV y PVS, respectivamente. Con fines comparativos, cuatro virus también se evaluaron mediante ELISA, siendo detectados PVS (80,5 %), PVY (55 %) y PLRV (5,5 %); mientras que PVX no fue encontrado con esta prueba. La comparación de estas técnicas mediante la razón de prevalencia (RP), indicó que la RT-qPCR ofrece niveles superiores de detección con valores de RP = 1,6 y RP = 7,5 para los virus PVY y PLRV; mientras que para PVS la ELISA detectó más muestras positivas que RT-qPCR (RP = 3,22), evidenciándose la necesidad de diseñar nuevos cebadores ajustados a la diversidad de este virus en Antioquia. La coinfección mixta más frecuente fue PVY-PYVV-PVX (22,2 %), mientras que los cinco virus se encontraron en el 11,1 % de las muestras. Finalmente, utilizando secuenciación Sanger de la cápside y NGS para los genomas completos, se confirmó la circulación de todos los virus detectados en los cultivos de papa del oriente Antioqueño. Estos resultados señalan la necesidad de fortalecer los programas de manejo integrado de enfermedades virales en Antioquia.Palabras clave: ELISA, RT-qPCR, Secuenciación de nueva generación (NGS), Solanaceae, Virus de ARN.ABSTRACT Viral diseases are one of the main phytopathological problems affecting potato crops worldwide. To determine the most prevalent viruses in potato var. Diacol Capiro crops in Eastern Antioquia, 36 leaf samples were tested for the presence of PVY, PVA, PVV, TaLMV, PVS, PLRV, PYVV, PVX, ToRSV and PMTV using RT-qPCR. Detected viruses included PVY, PVX, PYVV, PLRV and PVS with prevalence levels of 88.9 %, 75.0 %, 75.0 %, 41.7 % and 25.0 %, respectively. PVS, PVY, PLRV and PVX were also tested by ELISA. PVS, PVY and PLRV tested positive in 80.5 %, 55.0 % and 5.5 % of samples; PVX was not detected. Prevalence Ratios (PR) suggests that detection is higher for PVY (PR = 1.6) and PLRV (PR = 7.5) using RT-qPCR. ELISA worked better for PVS with a PR of 3.2; this result suggests that the RT-qPCR primers used for PVS must be adjusted to reflect the genome diversity of virus in Antioquia. The most frequent coinfection was PVY-PYVV-PVX, which occurred in 22.2 % of samples; coinfection with PVY, PVX, PYVV, PLRV and PVS was present in 11.1 % of samples. The c...

Detection of RNA viruses in potato seed-tubers from northern Antioquia (Colombia)

“…Within Antioquia, potato production is concentrated in the eastern and northern regions, the latter of which comprises fields totaling 3585 ha across the municipalities of Santa Rosa de Osos, Entrerríos, San Pedro de los Milagros, and Belmira. Recent investigations on the viruses transmitted through seed-tubers in potato fields in eastern Antioquia have revealed a high prevalence of RNA viruses in formal-and informally-produced planting material, and it is believed that high viral loads are a major factor explaining the lower potato productivity of the region (Sierra et al, 2020;Gallo et al, 2019;2021b). For example, in a study on seed-tubers from the Diacol Capiro cultivar it was found a prevalence for potato yellow vein virus (PYVV) of 73.3%, and up to 90% for potato virus Y (PVY) (Sierra et al, 2021).…”

DETECCIÓN Y CARACTERIZACIÓN MOLECULAR DEL POTATO VIRUS B (PVB) EN CULTIVOS DE PAPA CRIOLLA (Solanum phureja) EN ANTIOQUIA

“…1). El hallazgo del PVB en cultivos de papa en Colombia es el primer registro de este virus por fuera del Perú (De Souza et al, 2017); los virus restantes ya han sido reportados en múltiples ocasiones para ambos hospedantes en esta región del oriente de Antioquia (Gutiérrez et al, 2016;Vallejo et al, 2016;Gallo et al, 2019;Sierra et al, 2020) y por tanto los resultados que se describen a continuación se centrarán en la caracterización del genoma de este nepovirus, cuya secuencia fue depositada en GenBank con los números de accesión MT521733 y MT521734 con el nombre del aislamiento PVB_phureja.…”

“…Lagerh) y diversas enfermedades de origen viral (Navas y Díaz, 2012). Los agentes causales de las enfermedades virales hasta ahora detectados en este cultivo en Antioquia incluyen Potato leafroll virus (PLRV), Potato mop-top virus (PMTV), Potato virus S (PVS), Potato virus V (PVV), Potato virus X (PVX), Potato virus Y (PVY) y Potato yellow vein virus (PYVV) (Sánchez et al, 1991;Gil et al, 2011Gil et al, , 2012Gil et al, , 2013Guzmán et al, 2012;Villamil-Garzón et al, 2014;Álvarez et al, 2016;Gutiérrez et al, 2016;Mesa et al, 2016;Vallejo et al, 2016;Gallo et al, 2019).…”

“…Estudios recientes han demostrado que uno de los aspectos que más afectan la sanidad de los cultivos de papa en los países en desarrollo, corresponde a la degeneración de los tubérculossemilla, dada la ausencia de programas sostenidos de certificación de semilla (Thomas-Sharma et al, 2016;Gallo et al, 2019). Desafortunadamente, en Colombia es muy limitada la oferta de semilla certificada de papa criolla y esto se ve reflejado en los altos niveles de infección viral que se presentan tanto en el material de siembra como en los cultivos.…”

Prevalencia de virus de ARN en tubérculos-semilla certificados de Solanum tuberosum cv. Diacol Capiro de la sabana Cundiboyacense

“…En este caso, en muestras de semilla no certificada del cultivar Diacol Capiro, el promedio de coinfección fue de 4,6 virus por muestra, con un número mínimo de 4 y máximo de 6 virus, mientras que, en material certificado, el promedio de coinfección fue de 4 virus por muestra, con valores mínimos y máximos de 2 y 6 virus, respectivamente. Estos resultados, en su conjunto, aunque resultan muy alarmantes para la agroindustria de papa en Colombia, no son inesperados, por cuanto trabajos previos de detección de virus realizados directamente sobre material foliar de plantas de papa en estado de floración en Antioquia, han registrado niveles de infección del 88,9 %, para PVY, 75 %, para PVX y PYVV, 41,7 %, para PLRV y 25 %, para PVS (Gallo García et al 2019).…”