El objetivo de este texto es presentar elementos que permitan una reflexión sobre fenómenos de emergencias políticas y sociales en el contexto del llamado multiculturalismo de finales del siglo XX. Durante los años noventa, varios países latinoamericanos adoptaron nuevos modelos constitucionales y llevaron a cabo reformas jurídicas que reconocieron oficialmente la diversidad étnica y cultural, incluyendo derechos colectivos territoriales en sus naciones. Esto inauguró una nueva etapa para las formas de organización indígenas quienes, basadas en un proceso histórico de movilizaciones y demandas étnicas, participaron activamente en este proceso, cuestionando las políticas indigenistas de homogenización, asimilación o integración, que conllevaron la exclusión social y el genocidio físico y cultural de las poblaciones indígenas en la formación histórica y política de las naciones latinoamericanas. Así, desde un análisis histórico comparativo que se centra en Colombia y Brasil, siendo los primeros Estado-nación que acataron e incorporaron las políticas de la ciudadanía multicultural, comprobamos la influencia o el aporte de las movilizaciones indígenas en los avances constitucionales y a su vez los posteriores dilemas y contradicciones que enfrentaron estas organizaciones, entre los reconocimientos formales a la diferencia cultural/étnica y el avance de modelos de desarrollo neoliberales en sus territorios, ahora legalmente reconocidos por los Estados multiculturales.