CHAPTER 9. Chemical Biology Databases

Metabolômica De Plantas: Métodos E Desafios

“…É a partir dessa mudança de paradigma, que as ciências "ômicas" floresceram nas diferentes comunidades científicas. 8 A metabolômica foi concebida no final dos anos de 1990 a partir dos trabalhos com genômica funcional de leveduras por Oliver e Ferenci. 9 Em 2000, Fiehn e colaboradores do Max-Planck Institute of Plant Physiology publicaram os primeiros trabalhos sobre a aplicação da metabolômica em plantas.…”

“…Iniciativas como COordination of Standards In MetabOlomicS (COSMOS -http://www.cosmos-fp7.eu), Metabolomics Workbench (http://www.metabolomicsworkbench.org), ArMet (Architecture for Metabolomics) e MSI (Metabolomics Standard Initiative) representam alguns desses esforços para a criação de repositórios públicos para análise, monitoramento e disseminação de dados. 8 Em geral, essas plataformas exigem informações sobre as diretrizes do planejamento experimental, tais como, coleta, preparação de amostra e extração de metabólitos; dados sobre a(s) plataforma(s) analíticas utilizadas, instrumentos e configurações de análise; os tipos de normalização e escalonamento dos dados pós-análise e os tratamentos quimiométricos e estatísticos utilizados para redução da complexidade dos dados. 8 A Figura 1 demonstra, através de um fluxo de informações (etapas), os requerimentos básicos exigidos pelas comunidades científicas para o desenvolvimento de um experimento em metabolômica de plantas.…”

“…8 Em geral, essas plataformas exigem informações sobre as diretrizes do planejamento experimental, tais como, coleta, preparação de amostra e extração de metabólitos; dados sobre a(s) plataforma(s) analíticas utilizadas, instrumentos e configurações de análise; os tipos de normalização e escalonamento dos dados pós-análise e os tratamentos quimiométricos e estatísticos utilizados para redução da complexidade dos dados. 8 A Figura 1 demonstra, através de um fluxo de informações (etapas), os requerimentos básicos exigidos pelas comunidades científicas para o desenvolvimento de um experimento em metabolômica de plantas. A primeira etapa consiste na aplicação de um planejamento experimental criterioso, considerando a população a ser estudada (viabilidade), os procedimentos de preparação de amostra, seguido pela aquisição dos dados (associação com metadados) seu pré-processamento e finalmente a análise dos dados (estatística e quimiometria) e a interpretação dos resultados.…”