Este estudo tem por finalidade analisar a implantação e o percurso histórico do Colégio de São Sebastião do Rio de Janeiro, localizado na região da Baía de Guanabara. Para isso, adotou-se a metodologia bibliográfica e documental, na qual foram analisados artigos, cartas jesuítas e escritos de Serafim Leite (1890—1969). A pesquisa é justificada pela necessidade de compreender como ocorreu a organização do ensino nos primórdios da educação brasileira. Deste modo, podemos refletir sobre o passado, o presente e o futuro dentro da perspectiva da ruptura e da continuidade. Com os resultados obtidos, é possível perceber que os intensos conflitos, na Baía de Guanabara, significaram o desenvolvimento da cidade do Rio de Janeiro e a instauração da instituição escolar. Por meio das discussões, podemos refletir sobre a área da história e a historiografia da educação. Essa permeia as investigações históricas sobre os fenômenos educativos escolares, a estrutura do colégio e os conteúdos lecionados pelos padres jesuítas aos seminaristas que, futuramente, cumpririam a função de transmitir a fé católica e ensinar as crianças indígenas. A alfabetização e os ensinamentos religiosos, que aconteciam nas casas de bê-á-bá, aos meninos nativos, eram primordiais para desenvolver o hábito da leitura da Bíblia e converter o gentio à fé cristã. Considera-se que a colonização do Rio de Janeiro só foi possível devido a dois fatores: a Coroa Portuguesa e a Igreja Católica. Enquanto a administração portuguesa pretendia expandir seus territórios e se beneficiar dos produtos oferecidos pelas novas localidades encontradas, as ações dos padres jesuítas eram de expansão do Cristianismo que havia sofrido repressão pelo protestantismo.