Taunayia bifasciata é endêmica do Brasil, com registros em riachos nas bacias do alto Tietê, alto Paraíba do Sul e no alto curso do rio Itapanhaú, uma pequena bacia costeira do estado de São Paulo. A espécie é bentônica e adaptada à vida em corredeiras e ambientes bem oxigenados, sendo bastante sensível a alterações ambientais. A sua extensão de ocorrência, calculada pela área do polígono ao redor das microbacias onde a espécie foi registrada, é de aproximadamente 18.000 km². Toda a região do alto Tietê e Paraíba do Sul é afetada por assoreamento, desmatamento, extração de areia e cascalho, mineração, ocupação desordenada, barramentos de pequenos cursos d´água e poluição. Essas ameaças provocam fragmentação da população e declínio continuado em qualidade do habitat. Portanto, Taunayia bifasciata foi categorizada como Vulnerável (VU) pelos critérios B1ab(iii).