Biotecnologia ambiental é o conjunto de técnicas que utiliza organismos ou parte deles para monitorar, prevenir e recuperar ambientes. Nesse sentido, esse trabalho teve por objetivo conhecer o cenário atual da pesquisa científica em biotecnologia ambiental realizada na região norte do Paraná, destacando-se as fragilidades e potencialidades. Para tanto, foi realizada uma revisão sistemática da literatura hospedada no Portal de Periódicos da Capes, utilizando descritores e operadores booleanos previamente selecionados para este fim. Os resultados indicam a forte atuação das Universidades Públicas do Norte Paranaense, além de revelar a predominância de trabalhos relacionados à qualidade de ecossistemas aquáticos e a utilização de biomarcadores e bioindicadores distintos, na tentativa de levantar um amplo espectro de dados acerca dos ambientes analisados. Diversos tipos de organismos, de variados táxons, têm sido utilizados como indicadores de qualidade ambiental; assim como uma ampla gama marcadores. Percebe-se que a biotecnologia ambiental pode fornecer ferramentas para dirimir a contaminação ambiental, oferecendo tratamentos eficientes. Como diversas dessas técnicas ainda estão na fase de desenvolvimento, sua ampla utilização ainda não está totalmente difundida.