O queijo colonial, típico dos estados do sul do Brasil, pode ser uma grande fonte de contaminação microbiológica, principalmente se o leite utilizado para a sua fabricação não for pasteurizado, propiciando a proliferação de diversas bactérias patogênicas. Deste modo, o presente estudo teve por objetivo realizar a análise microbiológica comparativa entre queijos do tipo colonial com e sem inspeção sanitária, tendo como parâmetros o estipulado na legislação brasileira. Foram coletadas 12 amostras de queijo colonial, sendo 6 com inspeção (3 com inspeção federal SIF e 3 com inspeção estadual CISPOA) e 6 sem inspeção sanitária, adquiridas em supermercados e diretamente com o produtor rural, no Vale do Taquari – RS. Como resultado, obteve-se ausência de Salmonella spp. e Listeria monocytogenes em todas as amostras. A contagem de Staphylococcus coagulase positiva esteve dentro dos limites estabelecidos pela legislação brasileira em todas as amostras inspecionadas, enquanto 66,66% das amostras não inspecionadas estavam em desacordo. Para coliformes a 45 °C, as amostras com inspeção sanitária apresentaram contagem inferior ao limite estabelecido pela legislação brasileira, enquanto 100% das amostras sem inspeção estavam em desacordo. O estudo demonstrou uma significativa diferença na qualidade microbiológica entre queijos coloniais com e sem inspeção sanitária. Todos os queijos com inspeção sanitária se apresentaram dentro dos limites estabelecidos pela legislação brasileira, enquanto todas as amostras de queijos não inspecionados estavam impróprias para o consumo humano. Concluiu-se que as boas práticas de fabricação e higiene, principais focos da inspeção sanitária, são essenciais para que se tenha um produto de qualidade microbiológica.