Bacterial diversity of the rhizosphere of maize (Zea mays) grown in tropical soil studied by temperature gradient gel electrophoresis

Dynamics of the bacterial community structure in the rhizosphere of a maize cultivar

“…1). Because DGGE showed similar dynamic patterns as those revealed by pyrosequencing, it is a useful technique to give a snapshot of the diversity of the most abundant rhizosphere bacteria (Gomes et al, 2001;Smalla et al, 2001). However, pyrosequencing results provided more specific insight into shifts in bacteria community composition at the levels of family, genus and OTU (Fig.…”

“…Previous studies suggested that maize selects for a specific bacterial community depending on soil properties (Castellanos et al, 2009), genotypes (Aira et al, 2010), crop management, such as fertilizer (Aira et al, 2010) and growth stages (Cavaglieri et al, 2009;Di Cello et al, 1997). Some studies have suggested that microbial community composition in the maize rhizosphere is independent of cultivar (Dohrmann et al, 2013;Schmalenberger and Tebbe, 2002), growth stage (Gomes et al, 2001) and genotype (Schmalenberger and Tebbe, 2002). The apparent disparity of bacterial responses in the rhizosphere could be caused partially by differences among plant species and soil types, but likely also by differences among the methodologies used, such as denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and clone library analysis, which have different resolution and detection limitation (Bent and Forney, 2008).…”

Comunidade bacteriana como indicadora do efeito de feijoeiro geneticamente modificado sobre organismos não alvo

“…As amostras da comunidade rizosférica na primeira e segunda coletas foram representadas com 90% de participação nos agrupamentos na menor faixa de similaridade avaliada (S = 60) e com 30% na maior (S = 80), enquanto as amostras da comunidade não rizosférica só foram representadas na menor faixa de similaridade (S = 60), com 65% de participação na primeira coleta e 80% na segunda (Tabelas 1 e 2). Essa diferença pode ser causada pelo efeito seletivo da rizosfera, já relatado por outros autores (Costa et al, 2000;Gomes et al, 2001;Milling et al, 2004), sem, com isso, descartar a possibilidade de variação em função do emprego de métodos distintos para Tabela 1. Grupos formados com valores de similaridade (S) igual ou superior a 60 e 80% na primeira coleta (26 dias após o plantio, estádio V4 do feijoeiro), em diferentes fontes de amostras da comunidade bacteriana.…”

“…A amplificação para o subgrupo alfa (α) do filo Proteobacteria foi realizada com os iniciadores F203 (5'CCGCATACGCCCTACGGGGGAAA-GATTTAT3'), proposto por Gomes et al (2001), e R1494 (5'CTACGG(T/C)TACCTTGTTACGAC3'), proposto por Weisburg et al (1991). Após diluição do DNA total (1:10), foi preparada uma solução para reação de PCR que consistiu num volume final de 25 µL, contendo 1 µL da diluição do DNA, tampão (10 mmol L -1 de Tris-HCl, pH 8,4; A partir do produto amplificado na etapa anterior, foi realizada uma diluição 1:25 e uma nova reação foi preparada com um volume final de 35 µL sem BSA, com 1 µL da diluição do material amplificado e os iniciadores F968-GC e R1401R.…”

“…Após diluição do DNA total (1:10), foi preparada uma solução para reação de PCR que consistiu num volume final de 25 µL, contendo 1 µL da diluição do DNA, tampão (10 mmol L -1 de Tris-HCl, pH 8,4; A partir do produto amplificado na etapa anterior, foi realizada uma diluição 1:25 e uma nova reação foi preparada com um volume final de 35 µL sem BSA, com 1 µL da diluição do material amplificado e os iniciadores F968-GC e R1401R. As condições de PCR foram as mesmas utilizadas para amplificação da região V6-V8 com apenas 20 ciclos de desnaturação, de acordo com Gomes et al (2001).…”