Assessment of coconut tree genetic divergence by compound sample RAPD marker analysis

Abstract

The coconut tree (Cocos nucifera L.) is a tropical species widely cultivated throughout the world, which is found in all intertropical regions. The species shows wide phenotypic variability, which, however, is little understood at the genetic level. This study of the variability among the various coconut tree populations is important to increase the efficiency of the development of superior cultivars adapted to different ecological conditions. It also helps the selection of divergent progenies that can maximize heterosis in hybridizations. Genetic divergence among 19 coconut tree populations available in the BAG -Coco at EMBRAPA/CPATC was estimated by RAPD. Leaf samples from 21 plants of each cultivar were squashed together (compound samples) in liquid nitrogen and the DNA extracted using the modified Doyle and Doyle (1990) protocol. Samples of these DNA were amplified with 24 primers of the OPERON Technologies series. One hundred and twenty-seven polymorphic and 61 monomorphic loci were obtained. Six different clusters, possibly heterotic groups, were formed by the Tocher optimized clustering analysis which used the matrix of the complement of the Jaccard index. Group 1 included the dwarf group cultivars. Giant accessions, abbreviated to GBR (Brazilian Giant), formed group 2, except GBRPF, which together with West African Giant (GOA) formed group 4. The most distant accession was the Tonga Giant cultivar (GTG) that did not group with the others and presents potential for hybridization with the six cultivars in the dwarf group cultivars and with the five in the GBR group. Group 3 consisted of GRL, GPY and GRT and Group 5 of GML and GVT. The dendrogram obtained by the nearest neighbor method was in line with the clustering obtained by the Tocher optimization method. The markers used permitted identification of each one of the populations showing that they were genetically different (absence of duplicity). The use of compound samples was effective to investigate the interpopulational genetic diversity. However, to understand the intrapopulation genetic variability, individual sampling should be used.

Variabilidade e divergência genética entre genótipos de tucumanzeiro-do-pará (Astrocaryum vulgare Mart.) promissores para a produção de frutos por marcadores rapd

“…O dendrograma teve alta confiabilidade estatística (r=0,86 e P≤ 0,0001) pelo teste Z de Mantel, confirmando a alocação adequada dos genótipos nos grupos. Resultados concordantes foram encontrados por Daher et al (2002) Pelo método de Tocher, as dissimilaridades genéticas permitiram a distribuição das 29 plantasmatrizes em quinze grupos divergentes: o quatorze, constituído por duas matrizes, e o último, por apenas uma (Tabela 4). Nesse caso, observou-se tendência da formação dos grupos por procedência, como também para algumas características agronômicas, como perfilhamento, tipo e coloração dos frutos.…”

“…Daher et al (2002), utilizando essas mesmas metodologias em coqueiro, encontraram resultados semelhantes ao apresentado neste trabalho, em que apenas um dos grupos formados pelo método de Tocher foi coincidente com os grupos da metodologia UPGMA. Arriel et al (2006) ressaltam a utilização de mais de um método de agrupamento, em razão das diferenças na hierarquização, otimização e ordenação dos grupos, pois permite a complementaridade dos mesmos, impedindo que inferências errôneas sejam adotadas na alocação dos materiais, dentro de um determinado subgrupo, e sugerem que os métodos de hierarquização UPGMA e de otimização de Tocher sejam usados em conjunto.…”

“…Porém, outros métodos hierárquicos e não hierárquicos podem ser utilizados, os quais são baseados em medidas de similaridades ou dissimilaridades (CRUZ et al, 2004). Estudos dessa natureza com a utilização de marcadores moleculares têm sido realizados para algumas espécies de palmeiras com o intuito de verificar as relações genéticas entre as características e as regiões amplificadas pelos marcadores, como também na identificação de parentais divergentes como forma de maximizar a heterose em hibridações (DAHER et al, 2002;ISENSEE et al, 2007;ROSSATO et al, 2007). Entretanto, para o tucumã-do-pará, relatos dessa natureza não foram encontrados.…”

“…Oliveira (2002). Pedaços das lâminas foliares sem as nervuras centrais e os bordos foram macerados em almofariz de porcelana, contendo nitrogênio líquido e PVP (polivinilpirrolidona), até a obtenção de um pó fino.…”

Magnitude of the genetic base of commercial popcorn and in recommendation in Brazil

“…The total cellular DNA was extracted from young leaves using the method described by Doyle and Doyle (1990) with some modifications, according to Daher et al (2002). After extraction, DNA was quantified in 1% agarose gel.…”