Analysis of Hepatitis C Virus Intrahost Diversity across the Coding Region by Ultradeep Pyrosequencing

Lauck, Michael; Alvarado-Mora, Mónica Viviana; Becker, Ericka A.; Bhattacharya, Dipankar; Striker, Rob; Hughes, Austin L.; Carrilho, Flair José; O’Connor, David H.; Pinho, João Renato Rebello

doi:10.1128/jvi.06627-11

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“…Intrahost genetic variability was low and consisted of 35 to 99 single nucleotide polymorphisms (SNPs) across the GHV open reading frame (ORF). This amount of variability is higher than that for dengue virus but considerably lower than that for HCV (55,56). The majority of polymorphisms detected were present at frequencies below 10%, indicating that many of these SNPs may be selectively neutral.…”

Section: Resultsmentioning

confidence: 79%

A Novel Hepacivirus with an Unusually Long and Intrinsically Disordered NS5A Protein in a Wild Old World Primate

Lauck

Sibley

Lara

et al. 2013

J Virol

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h GB virus B (GBV-B; family Flaviviridae, genus Hepacivirus) has been studied in New World primates as a model for human hepatitis C virus infection, but the distribution of GBV-B and its relatives in nature has remained obscure. Here, we report the discovery of a novel and highly divergent GBV-B-like virus in an Old World monkey, the black-and-white colobus (Colobus guereza), in Uganda. The new virus, guereza hepacivirus (GHV), clusters phylogenetically with GBV-B and recently described hepaciviruses infecting African bats and North American rodents, and it shows evidence of ancient recombination with these other hepaciviruses. Direct sequencing of reverse-transcribed RNA from blood plasma from three of nine colobus monkeys yielded near-complete GHV genomes, comprising two distinct viral variants. The viruses contain an exceptionally long nonstructural 5A (NS5A) gene, approximately half of which codes for a protein with no discernible homology to known proteins. Computational structure-based analyses indicate that the amino terminus of the GHV NS5A protein may serve a zinc-binding function, similar to the NS5A of other viruses within the family Flaviviridae. However, the 521-amino-acid carboxy terminus is intrinsically disordered, reflecting an unusual degree of structural plasticity and polyfunctionality. These findings shed new light on the natural history and evolution of the hepaciviruses and on the extent of structural variation within the Flaviviridae.

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Section: Resultsmentioning

confidence: 79%

A Novel Hepacivirus with an Unusually Long and Intrinsically Disordered NS5A Protein in a Wild Old World Primate

Lauck

Sibley

Lara

et al. 2013

J Virol

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“…Recently, ultradeep sequencing has been used as a sensitive technique for characterizing resistance variants (20,21,22,23). In the present study, ultradeep sequencing was performed using sera from 8 Japanese chronic hepatitis C patients who participated in a clinical phase 2a trial using DCV, PEG-IFN alpha-2b (Pegintron; Schering-Plough, Kenilworth, NJ), and RBV to analyze the association between preexisting DCV-resistant variants and clinical antiviral responses.…”

mentioning

confidence: 99%

Ultradeep Sequencing Study of Chronic Hepatitis C Virus Genotype 1 Infection in Patients Treated with Daclatasvir, Peginterferon, and Ribavirin

Murakami

Imamura

Hayes

et al. 2014

Antimicrob Agents Chemother

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“…Muitas RTs retrovirais produzem cDNA a partir de praticamente qualquer RNA se provida de iniciador e dNTP em um tampão adequado; mas não há tal atividade com as proteínas P hepadnavirais, mesmo depois que se tornaram acessíveis em quantidades maiores por expressão recombinante (26). A razão por trás é a dependência estrita da atividade da proteína P de chaperonas celulares (proteínas de choque térmico, Hsp).…”

Section: Dna Polimeraseunclassified

Estudos moleculares sobre o vírus da hepatite B

Pinho¹

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EPIDEMIOLOGIA DA HEPATITE B NO BRASIL E NO MUNDOA hepatite B é uma doença de distribuição universal, presente em todos os continentes, porém com variações nos níveis de endemicidade. A Organização Mundial de Saúde estima que cerca de 2 bilhões de pessoas tenham sido infectadas pelo HBV O HBV é transmitido principalmente através do sangue, mas outros fluidos como sêmen, secreções vaginais e saliva podem estar envolvidos na transmissão desse agente. Há três principais formas de transmissão do HBV: vertical, sexual e parenteral (7).Nas áreas com prevalência intermediária ou alta a maioria dos indivíduos se infecta no momento do nascimento (transmissão vertical) ou durante os primeiros anos da infância pelo contato com portadores do vírus, o que ocorre com mais frequência entre membros da mesma família. Já nas áreas de baixa prevalência a infecção é adquirida primariamente durante a vida adulta, principalmente pela via sexual (33, 34).Em geral, quando a infecção pelo HBV ocorre em indivíduos adultos, a mesma tende a evoluir para a cronicidade em cerca de 5% dos indivíduos infectados. ESTRUTURA DO HBVAs células infectadas pelo HBV produzem diferentes tipos de partículas relacionadas ao vírus, as quais podem ser identificadas por microscopia eletrônica no PROTEÍNAS VIRAIS ANTÍGENOS DE SUPERFÍCIE (ENVELOPE)O principal antígeno do envelope do HBV é o HBsAg, mas também encontramos as proteínas L ("large") e M ("medium"), que contém os antígenos correspondentes às regiões pré S1 e pré S2 do genoma viral, além de compartilharem as regiões antigênicas do HBsAg. O HBsAg é encontrado no envelope viral em sua forma não -glicosilada (p25) e glicosilada (gp29), a proteína M em duas formas glicosiladas (gp33 e gp36) e a proteína L em uma forma não -glicosilada (p39) e outra glicosilada (gp42) (60).A principal proteína do envelope do HBV é denominada de HBsAg, é altamente imunogênica e é a base da vacina utilizada contra a infecção pelo HBV, que inicialmente consistia em HBsAg isolado do plasma de indivíduos infectados e atualmente são utilizadas proteínas HBs purificadas produzidas por engenharia genética. Os anticorpos anti-HBs gerados pela vacinação ou que constituem a imunoglobulina hiperimune são predominantemente dirigidos contra um epítopo antigênico presente no HBsAg denominado de determinante "a" (59, 61).As proteínas L e M estão presentes em maior proporção nas partículas virais íntegras e partículas ocas cilíndricas e têm um papel fundamental na infecção pelo HBV, participando no processo de captação do vírus pelas células hepáticas e do processo de morfogênese da partícula viral (62).As proteínas L, M e S compartilham um domínio na extremidade carboxila com quatro hélices putativas para ancoragem na membrana. As duas extensões terminais ANTÍGENO HBx (HBxAg)Além destas proteínas, pelo menos duas outras são produzidas pelo HBV, oHBxAg e a DNA polimerase viral. A presença da proteína HBxAg foi inferida pela descoberta de uma fase de leitura aberta na sequência do genoma viral.Posteriormente, a clonagem de segmentos des...

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Analysis of Hepatitis C Virus Intrahost Diversity across the Coding Region by Ultradeep Pyrosequencing

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A Novel Hepacivirus with an Unusually Long and Intrinsically Disordered NS5A Protein in a Wild Old World Primate

A Novel Hepacivirus with an Unusually Long and Intrinsically Disordered NS5A Protein in a Wild Old World Primate

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