Beberapa tahun belakangan ini, telah banyak pengembangan aplikasi sebagai bentuk penawaran kemudahan bagi masyarakat dalam proses melaporkan pajak, salah satunya yang dilakukan oleh DJP yaitu dengan mengeluarkan layanan perpajakan berbasis elektronik salah satunya e-faktur yang digunakan untuk pembuatan faktur pajak. Realita dalam penerapan e-faktur ini masih banyak Pengusaha Kena Pajak yang mengalami kendala salah satunya yang disebabkan oleh kemampuan dari penggunanya sehingga dapat berpotensi menimbulkan kerugian bagi negara. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis faktor penyebab terjadinya pembatalan dan penggantian faktur pajak serta pengaruh dari adanya pembatalan dan penggantian faktur pajak. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif deskriptif yang memakai data primer dan data sekunder.Teknik pengambilan data dalam penelitian ini adalah melalui wawancara dan menggunakan prinsip pemantauan dan prinsip pemilihan. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa yang menyebabkan adanya pembatalan dan penggantian faktur pajak disebabkan oleh kesalahan pada saat pengisian data. Hal tersebut juga berdampak, baik bagi PKP Penjual maupun PKP Pembeli. Dampak dari adanya pembatalan dan penggantian faktur pajak adalah Nomor Seri Faktur Pajak (NSFP) tidak bisa digunakan lagi oleh PKP dan dapat menimbulkan pajak lebih bayar pada pelaporan SPT Masa PPN. Serta PKP berkewajiban melakukan pembetulan SPT Masa PPN pada masa faktur pajak pengganti tersebut dilaporkan.