Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui penguasaan konsep materi sistem reproduksi dengan menggunakan analisis instrument two-tier multiple choice tipe terbuka di SMA Negeri Se-Kota Mataram. Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif. Populasi penelitian adalah seluruh siswa kelas XI MIPA SMA Negeri Se-Kota Mataram tahun ajaran 2017/2018 yang berasal dari 8 SMA Negeri di Kota Mataram. Pengambilan sampel dilakukan dengan teknik purposive sampling dan diperoleh peserta didik kelas XI MIPA dari SMAN 3 Mataram, SMAN 5 Mataram, SMAN 6 Mataram dan SMAN 8 Mataram sejumlah 280 peserta didik. Hasil penelitian menujukkan persentase penguasaan konsep kategori tidak paham konsep pada siswa kelas XI MIPA dari SMAN 3 Mataram, SMAN 5 Mataram, SMAN 6 Mataram dan SMAN 8 Mataram sebesar 70%, 34%, 59%, dan 63%. Sedangkan persentase kategori miskonsepsi pada pada siswa kelas XI MIPA dari masing-masing sekolah diatas adalah 26%, 51%, 41% dan 33%. Begitu pula dengan persentase kategori paham konsep masing-masing sekolah yaitu 4%, 14%, 0% dan 4%. Kesimpulan dari hasil penelitian menunjukan bahwa persentase penguasaan konsep siswa kelas XI MIPA SMA Negeri Se-Kota Mataram pada materi sistem reproduksi pada kategori tidak paham konsep sebesar 51%, miskonsepsi sebesar 38% dan paham konsep sebesar 11%. Kata kunci : penguasaan konsep,miskonsepsi, two-tier multiple choice tipe terbuka