An architecture for electronic field guides

Abstract

People who classify and identify things based on their observable or deducible properties (called "characters" by biologists) can benefit from databases and keys that assist them in naming a specimen. This paper discusses our approach to generating an identification tool based on the field guide concept. Our software accepts character lists either expressed as XML (which biologists rarely provide knowingly-although most databases can now export in XML) or via ODBC connections to the data author's relational database. The software then produces an Electronic Field Guide (EFG) implemented as a collection of Java servlets. The resulting guide answers queries made locally to a backend, or to Internet data sources via http, and returns XML. If, however, the query client requires HTML (e.g., if the EFG is responding to a human-centric browser interface that we or the remote application provides), or if some specialized XML is required, then the EFG forwards the XML to a servlet that applies an XSLT transformation to provide the look and feel that the client application requires. We compare our approach to the architecture of other taxon identification tools. Finally, we discuss how we combine this service with other biodiversity data services on the web to make integrated applications.

Next-Generation Field Guides

“…digital field guides without the restrictions imposed either by paper formats or by commercial considerations (Morris et al 2007). Like most electronic field-guide generators, the initial efforts of the EFG Project were focused on developing pictorial or text-based keys that allow users to choose different views and ways of accessing them.…”

An Audiovisual Wireless Field Guide

“…Unlike other efforts that focus on taxonomic or character database architectures [14], our approach primarily focuses on providing a flexible platform for capturing specimen data and automatically extracting and recognising their features either directly or by leveraging existing taxonomic and biodiversity databases. We also wanted the WFG system to be transparently upgradeable to identify additional species from additional phyla or to make use different identification techniques without requiring any alterations to software on the field devices.…”

Um serviço de gerenciamento de coletas para sistemas de biodiversidade

“…Uma característica comum das aplicações de biodiversidade é a sua concentração no nível taxonômico de espécies. Isso ocorre porque as espécies são a base de um sistema de agrupamento hierárquico conhecido como árvore taxonômica, usado pelos cientistas para classificar formas de vida [39]. Assim, um outro conjunto considerável de aplicações de biodiversidade lida com o gerenciamento de informações taxonômicas e a distribuição geográfica das espécies.…”

“…Uma outra abordagem encontrada na literatura são ferramentas que permitem a identificação de espécies baseadas no conceito de guias de campo. Um guia de campo é um livro desenhado para ajudar na identificação de espécies [39]. Por exemplo, Electronic Field Guide (EFG) [39], é uma ferramenta que permite aos cientistas redigir e gerar suas próprias guias de campos e sofisticadas chaves de identificação taxonômica, que podem ser publicadas e compartilhadas na Internet.…”

“…Propriedades espaciais e temporais estão se tornando cada vez mais importantes. Os trabalhos [11,39] A pesquisa em biodiversidade exige a manipulação de uma grande variedade de dados, como os registros de ocorrências de espécies, dados geográficos, ecológicos, socioeconômicos, entre outros. Os cientistas envolvidos neste domínio cada vez mais estão utilizando uma ampla variedade de padrões para coletar dados sobre tópicos diversos por exemplo, funções da comunidade de bactérias marinhas.…”