A pseudogene structure in 5S DNA of Xenopus laevis

Jacq, Claude; Miller, Jim; Brownlee, George G.

doi:10.1016/0092-8674(77)90189-1

Cited by 277 publications

(121 citation statements)

References 16 publications

Supporting

Mentioning

119

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…The latter possibility is supported by the finding that many of the cDNA clones tested (Table 1) hybridized to 3 or more Hind III fragments in the genomic DNA of a single individual. The multiple sites of hybridization may reflect the presence of pseudogenes (30,31) for which only one locus is expressed, and/or they may represent multiple loci of gene families (32). What does emerge from the data obtained with X chromosome-homologous loci is that the genomic representation of a specific cDNA clone can be complex.…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 96%

Identification and isolation of transcribed human X chromosome DNA sequences

et al. 1983

View full text Add to dashboard Cite

A human X chromosome specific phage library has been used as a source of X-specific genomic DNA clones which hybridize with cellular RNA. Random cDNA clones were mapped for X chromosome sequence localization and 8 were identified as hybridizing to X chromosome Hind III fragments. All eight also hybridized with autosomal Hind III fragments. The X chromosome genomic sequences corresponding to two of these cDNA clones were isolated from a phage library constructed with the Hind III endonuclease digest products of X enriched DNA. One genomic DNA segment, localized to the short arm of the X, shared sequence homology with at least one region of the human Y chromosome. The methodology developed represents a rapid means to obtain a specific genomic DNA clone from a single chromosome when multiple different genomic loci homologous to an expressed DNA sequence exist.INTRODUCTION:

show abstract

Section: Discussionmentioning

confidence: 96%

Identification and isolation of transcribed human X chromosome DNA sequences

et al. 1983

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…These genes are tandemly arranged in 720-base pair (bp) repeating units (9) which include the 5S RNA gene, a pseudogene (25), and an untranscribed spacer region which varies in length (7,11) (Fig. 1).…”

mentioning

confidence: 99%

Regular arrangement of nucleosomes on 5S rRNA genes in Xenopus laevis.

Young¹,

Carroll²

1983

Mol. Cell. Biol.

View full text Add to dashboard Cite

The chromatin structure of the oocyte-type 5S RNA genes in Xenopus laevis was investigated. Blot hybridization analysis of DNA from micrococcal nuclease digests of erythrocyte nuclei showed that 5S DNA has the same average nucleosome repeat length, 192 ± 4 base pairs, as two Xenopus satellite DNAs and bulk erythrocyte chromatin. The positions of nuclease-sensitive regions in the 5S DNA repeats of purified DNA and chromatin from erythrocytes were mapped by using an indirect end-labeling technique. Although most of the sites cleaved in purified DNA were also cleaved in chromatin, the patterns of intensities were strikingly different in the two cases. In 5S chromatin, three nuclease-sensitive regions were spaced approximately a nucleosome length apart, suggesting a single, regular arrangement of nucleosomes on most of the 5S DNA repeats. The observed nucleosome locations are discussed with respect to nucleotide sequences known to be important for expression of 5S RNA. Because the preferred locations appear to be reestablished in each repeating unit, despite spacer length heterogeneity, we suggest that the regular chromatin structure reflects the presence of a sequence-specific DNA-binding component on inactive 5S RNA genes.

show abstract

“…Bu yüzden psödogenler çoğalma seçilimi altında bulunmazlar. İlk olarak 1977'de Jacq ve arkadaşlarının Xenopus laevis'in homolog 5S genomik DNA sekansından transkribe olmayan bir grubun varlığını rapor etmeleriyle keşfedilmiş ve daha sonra yapılan çalışmalar, bu transkribe olmayan grupların prokaryotlardan ökaryotlara birçok canlıda var olduğunu ortaya çıkarmıştır (4)(5)(6) 1A). Tekrarlayan psödogenler (dublicated pseudogenes) ise yanlış gen dublikasyonu ile gen bölgesinin enhansır ve promotörlerinin bozulmasıyla veya çerçeve kayması mutasyonu, erken stop kodonu oluşumu ile gen bölgesinin fonksiyonunu kaybetmesiyle meydana gelir.…”

Section: Introductionunclassified

Sahte İsmini Haketmeyen Genler; Psödogenler

Sönmez¹,

Göğebakan²,

Ecevit³

et al. 2016

Mustafa Kemal Üniv Tıp Derg

View full text Add to dashboard Cite

Psödogenler, gen benzeri olan fakat genlerden farklı olarak fonksiyonel ürününü kodlayamayan, sahte gen bölgeleridir. Promotör bölgelerindeki delesyon, insersiyon, çerçeve kayması gibi mutasyon veya zamanından önce stop kodonu bulundurma sonucu meydana gelirler. İnsan genomu, yaklaşık olarak 20.000 psödogen içermektedir. Psödogenler üretildikleri mekanizmalara göre tek kopya, tekrarlayan ve işlenmiş olmak üzere üç gruba ayrılmaktadır. Son yıllarda yapılan moleküler çalışmalara göre, herhangi bir görevi olmadığı zannedilen psödogenlerin bazı görevlerinin olduğu, hatta bazılarınında kısa peptid ve protein üretebildiği gösterilmiştir. mRNA stabilitesini, gen ekspresyonunu düzenlediği ve genomun evriminde rol oynadığı bildirilmiştir. Bu raporlardan biri de psödogenlerin mikroRNA tuzakları ile tümör süpresör genler ve onkogenlerin düzenlenmesi yeteneğine sahip olduğunu göstermektedir. Şu ana kadar psödogenlerin oluşum mekanizmaları ve görevleri, hatta psödogenin yapısı ile ilgili hiç Türkçe bir kaynak bulunmamaktadır. Bu nedenle, biz bu derlemede psödogenler hakkında okuyucuyu bilgilendirmeyi amaçladık.Sonuç olarak ise bu genlerin 'sahte' ismini hak etmediğini, moleküler çalışmalar ile bu genlerin hücrede gen ekspresyonunda önemli rol oynadığı tespit edilmiştir. Bu yüzden bilim camiasında bu genlerin fonksiyonları doğrultusunda yeniden isimlendirilmeleri gerektiği düşünülmektedir.

show abstract

A pseudogene structure in 5S DNA of Xenopus laevis

Cited by 277 publications

References 16 publications

Identification and isolation of transcribed human X chromosome DNA sequences

Identification and isolation of transcribed human X chromosome DNA sequences

Regular arrangement of nucleosomes on 5S rRNA genes in Xenopus laevis.

Sahte İsmini Haketmeyen Genler; Psödogenler

Contact Info

Product

Resources

About