O ensino de ciências tem como principal função formar um cidadão capaz de se posicionar frente às mudanças que ocorrem na sociedade, sendo sujeito ativo e capaz de tomar decisões que mudem a sua realidade. No entanto, esse processo pode ser extremamente difícil diante do choque entre o conhecimento científico e conhecimentos prévios. Dessa maneira, o ensino do tema evolução se torna tão complexo quanto o próprio tema, e essa dificuldade está associada a fatores históricos, sociais, políticos, culturais e conceituais, os quais, muitas vezes, dificultam a construção de modelos educacionais eficientes. Neste artigo buscamos analisar as dificuldades do ensino do tema evolução a partir de uma ótica sistêmica, levando em consideração os diferentes pontos de vista que permeiam a temática.