A description of the lactic acid bacteria microbiota associated with the production of traditional fermented vegetables in Vietnam

Nguyen, Doan Thi Lam; Hoorde, Koenraad Van; Cnockaert, Margo; Brandt, Evie De; Aerts, Maarten; Thanh, Le Binh; Vandamme, Peter

doi:10.1016/j.ijfoodmicro.2013.01.024

Cited by 105 publications

(64 citation statements)

References 35 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…The historical discovery and exploration of these bacteria are closely associated with food fermentations, where they remain important today with industrial application value (Stiles and Holzapfel, 1997). In addition to the indigenous food-related habitats of these bacteria (Zhang et al, 2008b;Fonseca et al, 2013;Nguyen et al, 2013), they are abundant in the gastrointestinal tracts of both humans and animals (Ahrné et al, 1998;Du Toit et al, 2001). Isolates from the same host species, including Lactobacillus plantarum and Lactobacillus casei, are often detected in a broad range of ecological niches, reflecting their versatility (Kleerebezem et al, 2003;Zhang et al, 2010).…”

Section: Short Communicationmentioning

confidence: 99%

Short communication: Single molecule, real-time sequencing technology revealed species- and strain-specific methylation patterns of 2 Lactobacillus strains

Zhang

Sun

Menghe

et al. 2015

Journal of Dairy Science

View full text Add to dashboard Cite

Pacific Biosciences' (Menlo Park, CA) single molecule, real-time sequencing technology was reported to have some advantages in generating finished genomes and characterizing the epigenome of bacteria. In the present study, this technology was used to sequence 2 Lactobacillus strains, Lactobacillus casei Zhang and Lactobacillus plantarum P-8. Previously, the former bacterium was sequenced by an Applied Biosystems 3730 DNA analyzer (Grand Island, NY), whereas the latter one was analyzed with Roche 454 (Indianapolis, IN) and Illumina sequencing technologies (San Diego, CA). The results showed that single molecule, real-time sequencing resulted in high-quality, finished genomes for both strains. Interestingly, epigenome analysis indicates the presence of 1 active N(6)-methyladenine methyltransferase in L. casei Zhang, but none in L. plantarum P-8. Our study revealed for the first time a completely different methylation pattern in 2 Lactobacillus strains.

show abstract

Section: Short Communicationmentioning

confidence: 99%

Short communication: Single molecule, real-time sequencing technology revealed species- and strain-specific methylation patterns of 2 Lactobacillus strains

Zhang

Sun

Menghe

et al. 2015

Journal of Dairy Science

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Phương pháp này đang được ứng dụng trong thời gian gần đây ở nhiều phòng thí nghiệm trên thế giới để nghiên cứu thành phần loài và xác định tính chất của hệ vi sinh vật trong thực phẩm [1,2,3,4,5]. Trong nghiên cứu vi sinh vật việc xác định loài là bước quan trọng để có thể biết được các đặc tính cũng như các ứng dụng của chúng.…”

Section: Mở đầUunclassified

“…Do đó việc phân tích sản phẩm PCR vùng biến đổi V3 16S rDNA đã được sử dụng để xác định loài vi khuẩn trong thực phẩm [11,4,5] mỗi loài sẽ có vị trí những băng khác nhau trên gel DGGE, và sản phẩm PCR vùng biến đổi V3 16 S rDNA của 10 mẫu sẽ được tách biệt trên gel DGGE (Hình 2a, b Kết quả phân tích DGGE vùng biến đổi V3 16S rDNA cho thấy 10 mẫu nem chua cho một loạt các băng khác nhau liên quan đến các loài vi khuẩn đại diện trong mẫu (Hình 2a,b). Như vậy, nem chua Hà Nội và Thanh Hóa có thành phần hệ vi khuẩn rất đa dạng.…”

Section: Gel Dgge Sản Phẩm Pcr Vùng Biến đổI V3 16s Rdna Của 10 Mẫu Nunclassified

Nghiên Cứu Quần Xã Vi Khuẩn Trong Nem Chua Bằng Phương Pháp Không Phụ Thuộc Vào Nuôi Cấy

Nguyen¹,

Hoorde²,

Cnockaert³

et al. 2015

Journal of Science and Technology

View full text Add to dashboard Cite

Đến Tòa soạn: 21/9/2014; Chấp nhận đăng: 10/2/2015 TÓM TẮTPhương pháp PCR điện di gel dải nồng độ biến tính (PCR -DGGE) đang được ứng dụng trong thời gian gần đây ở nhiều phòng thí nghiệm trên thế giới để nghiên cứu hệ vi sinh vật trong thực phẩm. Trong công trình này PCR -DGGE được dùng để đánh giá sự đa dạng vi khuẩn trong nem chua và đặc biệt quan tâm tới chủng vi khuẩn hay gặp nhằm góp phần nghiên cứu chọn, tạo chủng khởi động cho sản xuất nem chua có chất lượng tốt và an toàn. DNA tổng số được tách chiết trực tiếp từ 10 mẫu nem chua, tiếp đó PCR của vùng biến đổi V3 16S rDNA được sử dụng cho phân tích DGGE. Kết quả phân tích cho thấy, trên điện di đồ DGGE nem chua Hà Nội và Thanh Hóa xuất hiện 53 băng khác nhau liên quan đến các loài vi sinh vật trong nem chua. Sau đó, 53 băng này được cắt, tinh sạch, xác định trình tự và so sánh với trình tự đã biết trong ngân hàng gen EMBL. Kết quả đã chỉ ra hầu hết vi khuẩn trong nem chua Hà Nội và Thanh Hóa là vi khuẩn lactic trong đó có các chi là Lactobacillus, Lactococcus, Pediococcus, Leuconostoc, Vagococcus, Enterococcus, Weissella chỉ có hai chi Macrococcus, Psychrobacter không thuộc vi khuẩn lactic. Kết quả cũng chỉ ra rằng trong các chi vi khuẩn lactic thì Lactobacillus có số lượng lớn nhất, chúng có vai trò đặc biệt quan trọng trong tạo hương, bacteriocin để đảm bảo chất lượng cũng như trong việc bảo quản nem chua.Từ khóa: PCR điện di gel dải nồng độ biến tính, 16S rDNA, V3. MỞ ĐẦUMột trong những phương pháp phân tích vi sinh vật không phụ thuộc vào nuôi cấy là phương pháp điện di gel dải nồng độ biến tính (PCR -DGGE) sản phẩm PCR vùng biến đổi (V) của 16S rDNA từ DNA tổng số. Phương pháp này đang được ứng dụng trong thời gian gần đây ở nhiều phòng thí nghiệm trên thế giới để nghiên cứu thành phần loài và xác định tính chất của hệ vi sinh vật trong thực phẩm [1,2,3,4,5]. Trong nghiên cứu vi sinh vật việc xác định loài là bước quan trọng để có thể biết được các đặc tính cũng như các ứng dụng của chúng. Nhiều năm qua bằng phương pháp phân loại truyền thống, các loài vi sinh vật được phân loại dựa trên các

show abstract

“…These changes directly influence the quality of the final product. It is generally considered that microorganisms cause these changes (Fleming et al, 1995;Nguyen et al, 2013). Correctly understanding the microbial dynamics that occur during fermentation is essential to creating a final product that has good flavor and quality.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Dominant Microorganisms during the Spontaneous Fermentation of Suan Cai, a Chinese Fermented Vegetable

Hong-yan

Zou

et al. 2014

FSTR

View full text Add to dashboard Cite

were also detected until day 30 of fermentation. This is the first study to focus on eukaryotic diversity during suan cai fermentation. These results provide a comprehensive understanding of the spontaneous suan cai fermentation process and a foundation for controlling suan cai fermentation and quality.Keywords: suan cai, fermentation, dynamics, microbial succession, bacteria, eukaryote IntroductionSuan cai is a traditional sauerkraut in Northeast China. It is generally made from Chinese cabbage. After washing the leaves, Chinese cabbage is soaked in a ceramic jar with salt and pressed under a stone. After one-month fermentation, it becomes edible. In the past, the northeastern part of China was too cold to cultivate leaf vegetables during the winter, so people used this method to preserve vegetables. Now, suan cai has become an essential food in Northeast China during the winter. Suan cai is increasingly available at the market, and its production scale is expanding.However, almost all commercial suan cai producers use a spontaneous fermentation method. The long fermentation period and variable quality are common problems in suan cai marketization (Ni et al., 2011).Many physical and chemical changes occur during vegetable fermentation. These changes directly influence the quality of the final product. It is generally considered that microorganisms cause these changes (Fleming et al., 1995;Nguyen et al., 2013). Correctly understanding the microbial dynamics that occur during fermentation is essential to creating a final product that has good flavor and quality. To facilitate the successful transition from spontaneous to artificial fermentation, the microflora present during spontaneous suan cai fermentation must be investigated (Hansen, 2002;Holzapfel, 2002 (Yan et al., 2009;Zhang and Meng, 2010). Investigations of the bacterial dynamics from beginning to end of fermentation are scarce.Furthermore, traditional suan cai fermentation is an open-air fermentation process that involves eukaryotic microorganisms (Zhong and Guo, 1995), but it is generally believed that the role of these eukaryotic microorganisms is minimal. Therefore, the investigation of eukaryotic microorganisms in this process has been neglected, and to the best of our knowledge, eukaryotic diversity during suan cai fermentation has not been examined at all. In this study, the traditional suan cai fermentation process was investigated. Bacterial and eukaryotic dynamics during the fermentation process were evaluated, and biochemical analyses were performed. The information from this study provides new insights into suan cai fermentation and should become a basis for the development of suitable starter cultures for suan cai fermentation. Material and MethodsSuan-cai fermentation Fermentation of Chinese cabbages (Beassica pekinensis) was performed according to traditional methods ( Fig. 1). Briefly, Chinese cabbages were harvested, airdried for two days, trimmed and then soaked in a 750 L jar. The proportion of salt to Chinese cabbage was 1% (w/w). One...

show abstract

A description of the lactic acid bacteria microbiota associated with the production of traditional fermented vegetables in Vietnam

Cited by 105 publications

References 35 publications

Short communication: Single molecule, real-time sequencing technology revealed species- and strain-specific methylation patterns of 2 Lactobacillus strains

Short communication: Single molecule, real-time sequencing technology revealed species- and strain-specific methylation patterns of 2 Lactobacillus strains

Nghiên Cứu Quần Xã Vi Khuẩn Trong Nem Chua Bằng Phương Pháp Không Phụ Thuộc Vào Nuôi Cấy

Dominant Microorganisms during the Spontaneous Fermentation of Suan Cai, a Chinese Fermented Vegetable

Contact Info

Product

Resources

About