Nghiên Cứu Quần Xã Vi Khuẩn Trong Nem Chua Bằng Phương Pháp Không Phụ Thuộc Vào Nuôi Cấy

Abstract

Đến Tòa soạn: 21/9/2014; Chấp nhận đăng: 10/2/2015 TÓM TẮTPhương pháp PCR điện di gel dải nồng độ biến tính (PCR -DGGE) đang được ứng dụng trong thời gian gần đây ở nhiều phòng thí nghiệm trên thế giới để nghiên cứu hệ vi sinh vật trong thực phẩm. Trong công trình này PCR -DGGE được dùng để đánh giá sự đa dạng vi khuẩn trong nem chua và đặc biệt quan tâm tới chủng vi khuẩn hay gặp nhằm góp phần nghiên cứu chọn, tạo chủng khởi động cho sản xuất nem chua có chất lượng tốt và an toàn. DNA tổng số được tách chiết trực tiếp từ 10 mẫu nem chua, tiếp đó PCR của vùng biến đổi V3 16S rDNA được sử dụng cho phân tích DGGE. Kết quả phân tích cho thấy, trên điện di đồ DGGE nem chua Hà Nội và Thanh Hóa xuất hiện 53 băng khác nhau liên quan đến các loài vi sinh vật trong nem chua. Sau đó, 53 băng này được cắt, tinh sạch, xác định trình tự và so sánh với trình tự đã biết trong ngân hàng gen EMBL. Kết quả đã chỉ ra hầu hết vi khuẩn trong nem chua Hà Nội và Thanh Hóa là vi khuẩn lactic trong đó có các chi là Lactobacillus, Lactococcus, Pediococcus, Leuconostoc, Vagococcus, Enterococcus, Weissella chỉ có hai chi Macrococcus, Psychrobacter không thuộc vi khuẩn lactic. Kết quả cũng chỉ ra rằng trong các chi vi khuẩn lactic thì Lactobacillus có số lượng lớn nhất, chúng có vai trò đặc biệt quan trọng trong tạo hương, bacteriocin để đảm bảo chất lượng cũng như trong việc bảo quản nem chua.Từ khóa: PCR điện di gel dải nồng độ biến tính, 16S rDNA, V3. MỞ ĐẦUMột trong những phương pháp phân tích vi sinh vật không phụ thuộc vào nuôi cấy là phương pháp điện di gel dải nồng độ biến tính (PCR -DGGE) sản phẩm PCR vùng biến đổi (V) của 16S rDNA từ DNA tổng số. Phương pháp này đang được ứng dụng trong thời gian gần đây ở nhiều phòng thí nghiệm trên thế giới để nghiên cứu thành phần loài và xác định tính chất của hệ vi sinh vật trong thực phẩm [1,2,3,4,5]. Trong nghiên cứu vi sinh vật việc xác định loài là bước quan trọng để có thể biết được các đặc tính cũng như các ứng dụng của chúng. Nhiều năm qua bằng phương pháp phân loại truyền thống, các loài vi sinh vật được phân loại dựa trên các