Microcefalia é uma malformação congênita na qual o bebê apresenta um perímetro cefálico inferior a 2 desvios-padrão da média para idade gestacional e sexo. É um dos sinais clínicos mais evidentes da Síndrome congênita do Zika Vírus e poucos estudos na área odontológica foram desenvolvidos com essa população. Objetivo: Avaliar as condições bucais de crianças com microcefalia quanto a higiene bucal, experiência, severidade e atividade de cárie. Método: Tratou-se de estudo transversal com amostra de 71 crianças portadoras de microcefalia de Teresina-PI. Foram excluídos bebês que não apresentavam dentes. Os dados foram coletados através da aplicação de questionário socioeconômico e demográfico e realização de exame clínico por um examinador previamente treinado e calibrado. No exame clínico foi avaliada a higiene bucal (Índices O'Leary e Sangramento Gengival); a experiência e severidade da cárie dentária (Índice CAST) e a atividade de cárie (Índice Nyvad). Foi realizada análise descritiva e o teste de associação Exato de Fisher (p<0.05). Resultados: A idade das crianças variou de 5 a 59 meses, com 71,8% entre 24 e 36 meses. A maioria tinha um índice O'Leary deficiente (84,5%) e 73,2% tinham gengivite. 78,9% das crianças foram classificadas como saudáveis segundo o CAST. O estado de pré-morbidade foi detectado em 19,7%, e apenas uma criança apresentou estado de morbidade. Conclusões: A população apresentou baixa prevalência de cárie e altos níveis de placa e sangramento gengival, sendo importante a implantação de um programa preventivo-educativo.