Sequence variability in the coat protein gene of Cowpea severe mosaic virus isolates from northeastern Brazil

Abstract

The comovirus Cowpea severe mosaic virus (CPSMV) causes a disease in cowpea (Vigna unguiculata) but, despite its importance, there are no studies on the genetic diversity of viral populations. We have determined the nucleotide sequences of part of the coat protein (CP) gene of six Brazilian isolates of CPSMV. Genomic fragments (521 nucleotides) were RT-PCR amplified, cloned, and their sequences were compared with each other and with other comoviruses. Sequence comparisons indicated a high degree of conservation for the CP gene, with 92-100% nucleotide and 97-100% amino acid sequence identity among the isolates. There was no correlation between geographical origin and sequence identity or phylogeny among the isolates. Key words: Comovirus, Vigna unguiculata, CPSMV, sequence diversity. RESUMO Variabilidade de sequências do gene da proteína do capsídeo de isolados do Cowpea severe mosaic virus do Nordeste do BrasilO comovírus Cowpea severe mosaic virus (CPSMV) causa a doença em feijão-caupi (Vigna unguiculata) conhecida como mosaico severo, mas, apesar de sua importância, não há estudos de diversidade genética de populações virais. Foram determinadas as sequências nucleotídicas de parte do gene da proteína do capsídeo (CP) de seis isolados brasileiros de CPSMV. Os fragmentos genômicos (521 nucleotídeos) foram amplificados por RT-PCR, clonados e suas sequências foram comparadas entre si e com as sequências de outros comovírus. As comparações de sequências indicaram um elevado grau de conservação para o gene CP, com identidade de 92-100% (nucleotídeos) e 97-100% (aminoácidos) entre os isolados. Não houve correlação entre origem geográfica e identidade de sequência ou filogenia entre os isolados. Palavras-chave: Comovirus, Vigna unguiculata, CPSMV, diversidade de sequência.

Diversity among isolates of cowpea severe mosaic virus infecting cowpeas in northeastern Brazil

“…Nucleic acid identity of 99.4 to 100% was observed, with a predicted amino acid similarity varying from 98.5 to 99.4% in a fragment from RNA1 (Bradshaw et al, 2011). In addition, a recent study determined that the variability in 521 nucleotides from the coat protein gene of six isolates collected over a period of 32 years from CPSMV was very low, ranging from 97 to 100% nucleic acid identity and from 92 to 100% in the predicted amino acid sequences (Beserra Jr. et al, 2011). Table 1.…”

“…Consequently, information about virus genome variability is crucial. Despite numerous studies on viruses infecting cowpeas, information on virus diversity and genome variability is limited (Beserra Jr. et al, 2011). In this study, we partially sequenced isolates of CPSMV in northeastern Brazil, in which cowpea is a staple food for approximately 68 million people and the cultivation area comprises 1.3 million hectares.…”

Reação de genótipos de feijão-caupi revela resistência às coinfecções pelo Cucumber mosaic virus, Cowpea aphid-borne mosaic virus e Cowpea severe mosaic virus

“…são as viroses. Dentre os principais vírus que infectam o feijão-caupi, no Brasil, podem ser citados: Cowpea severe mosaic virus (CPSMV) (gênero Comovirus, família Secoviridae); Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV) (gênero Potyvirus, família Potyviridae); Cucumber mosaic virus (CMV) (gênero Cucumovirus, família Bromoviridae) e Bean golden mosaic virus (BGMV) (gênero Begomovirus, família Geminiviridae) (Beserra Junior et al, 2011;Lima et al, 2005). As infecções ocasionadas por vírus podem ocorrer tanto de forma isolada como em coinfecções.…”