Detección molecular de Ralstonia solanacearum en agroecosistemas bananeros de Colombia

Abstract

RESUMEN El Moko del banano causado por Ralstonia solanacearum es una de las enfermedades más limitantes en la producción de este cultivo en el mundo. Una alternativa viable para reducir la incidencia de la enfermedad consiste en la detección temprana de plantas afectadas y de suelos con altos niveles de inóculo bacterial. En esta investigación se evaluaron diferentes metodologías de extracción de ácidos nucleicos a partir de material vegetal y de suelos para su utilización en el diagnóstico molecular de la bacteria, determinándose además las características de los filotipos y secuevares que causan esta enfermedad en la región bananera de Urabá, Colombia. Los resultados indican que para el caso del diagnóstico de material vegetal, los métodos más efectivos consisten en la utilización de kits comerciales de extracción de ADN que utilizan columnas de silica gel en presencia de altas concentraciones salinas o alternativamente métodos convencionales con buffers que contengan PVPP. Para la detección a partir de muestras de suelo, la metodología más apropiada resultó ser aquella en la cual se realizó previa a la extracción de ADN, el enriquecimiento microbiano en medio liquído semiselectivo SMSA. El diagnóstico molecular mediante PCR múltiple permitió determinar que el agente causal del Moko del banano en Urabá corresponde al Filotipo II, secuevar 4 de R. solanacearum. Los procedimientos establecidos se constituyen en una herramienta a ser empleada en nuestro medio para el diagnóstico temprano del Moko del banano tanto en las investigaciones epidemiológicas como en el manejo de esta enfermedad en el campo.

Técnicas para el aislamiento, identificación y caracterización molecular de cepas de Ralstonia solanacearum relacionadas a Moko del plátano

“…The ELISA technique has been widely used in the protocols for the identification of R. solanacearum amongst colonies with similar phenotypes (Álvarez-Restrepo et al, 2008;Döölotkeldieva and Bobusheva, 2016 muestras. El diagnóstico con las inmunotiras proporcionó 100% de congruencia con los diagnósti-cos por PCR, tanto en número de positivas como en las muestras identificadas, mientras que el ensayo ELISA presentó un 20% de error (7 falsas positivas de las 35).…”

“…Para estudios genéticos, de patogénesis u otras caracterizaciones, R. solanacearum es usualmente aislada en medio semiselectivo SMSA ("selective media from south africa"), (Álvarez-Restrepo et al, 2008;Cardozo et al, 2010;Elphinstone et al, 1996). Sin embargo, aún sobre este medio el aislamiento de esta bacteria es difícil debido al crecimiento de otros microorganismos (Champoiseau et phylotype IV, from Indonesia, Japan and Australia (Fegan and Prior, 2005).…”

“…For genetic studies, pathogenesis, or other characterizations, R. solanacearum is usually isolated in the semiselective media SMSA ("selective media from South Africa"), (Álvarez-Restrepo et al, 2008;Cardozo et al, 2010;Elphinstone et al, 1996). However, even in this medium, isolating this bacteria is difficult, due to the growth of other microorganisms (Champoiseau et al, 2009;Kalpage y De Costa, 2015), particularly bacteria of the genera Klebsiella, Erwinia, and Pseudomonas.…”

“…Para enriquecer la población de R. solanacearum en el medio SMSA, un fragmento (1 cm 2 ) del tejido vegetal infectado se depositó en el medio lí-quido y se incubó durante 24 h en agitación a 180 rpm a 28 °C (Álvarez-Restrepo et al, 2008). Una alícuota de este cultivo (1.5 mL) se centrifugó a 5,200 X g durante 5 min.…”

“…To enrich the R. solanacearum population in the SMSA medium, a fragment (1 cm 2 ) of the infected plant tissue was deposited in the liquid medium and incubated for 24 h, shaking constantly at 180 rpm at 28 °C (Álvarez-Restrepo et al, 2008). One aliquot of this culture (1.5 mL) was centrifuged at 5,200 X g for 5 min.…”