A flora brasileira é megadiversa, e está sob pressão pelo avanço das atividades humanas. As comunidades tradicionais possuem grande conhecimento acerca de usos e propriedades das plantas, mas este conhecimento não se reflete no aproveitamento das espécies nativas para a produção de medicamentos ou reconhecimento oficial nas listas de plantas medicinais preconizadas pela Agência Nacional de Vigilância Sanitária (ANVISA). Foi proposta a criação do Índice de Significância Medicinal (ISM) para localizar, em listagens de plantas, aquelas com maior potencial de estudo farmacológico a partir da validação dos usos populares, valorizando o caráter nativo em função da conservação da biodiversidade e avaliando sua presença em listas oficiais do governo. O Índice foi aplicado a um levantamento florístico realizado no Campus Fiocruz Mata Atlântica, Rio de Janeiro, em que 44 espécies (42 nativas, duas exóticas) tiveram indicação de usos medicinais em literatura, e apenas três estão presentes em listas oficiais. O ISM contribuiu para a indicação de plantio de sete espécies na Plataforma Agroecológica de Fitomedicamentos, Fiocruz. O Índice demonstrou ser uma ferramenta útil para a identificação e seleção de plantas medicinais nativas ainda não reconhecidas em listas oficiais da ANVISA para pesquisa das suas propriedades e desenvolvimento de métodos e produtos.