O dendezeiro (Elaeis guineensis Jacq.) aparentemente tolera o alagamento prolongado e numerosos pneumatóforossão evidentes adaptações morfológicas. O número de pneumatóforos por planta é, no entanto, bastante variável. Assim, levantamos a hipótese de que um maior número de pneumatóforos pode atenuar os efeitos do estresse no sistema radicular crescimento e induzir maior tolerância ao alagamento de longo prazo em mudas de dendê. Para testar esta hipótese nós comparou características morfológicas e fisiológicas em plantas bem irrigadas (controle) e encharcadas com 2-10 e 90–120 pneumatóforos após ca. 77 dias de alagamento. A altura da planta foi semelhante entre controle e plantas encharcadas com 90-120 pneumatóforos, mas foi 21% menor em plantas com 2-10 pneumatóforos do que no controle. O diâmetro do caule e do bulbo e a biomassa foram 16, 20 e 42% maiores em plantas encharcadas do que no controle, independente do número de pneumatóforos. Número semelhante de folhas e folíolos foram observados independentemente do regime de irrigação e número de pneumatóforos, mas a área total do folíolo e a biomassa de folíolos foi maior em plantas com 90-120 pneumatóforos do que em outras plantas. Biomassa do sistema radicular foi notavelmente diminuído em plantas encharcadas; no entanto, tais quedas foram mais expressivas em plantas com 2–10 pneumatóforos. O potencial hídrico foliar, as trocas gasosas foliares e a fluorescência da clorofila não foram afetados por alagamento. Assim, concluímos que o alagamento causa poucas alterações na morfologia aérea das mudas mas afeta notavelmente o desenvolvimento do sistema radicular, principalmente naquelas plantas com menor número de pneumatóforos o as maiores concentrações de açúcares foram encontrados na estipe e bulbo das plantas alagadas com mais pneumatóforos.