O trato gastrointestinal da ave possui uma diversidade microbiológica, as bactérias de caráter benéfico desempenham papel na digestão e absorção, contribui com o sistema imunológico e na competição contra patógenos que compõe aproximadamente 10% da microbiota intestinal. Os filos mais abundantes são Actinobacteria, Firmicutes, Fusobacteria e Bacteriodetes, tais microrganismos são essenciais para a saúde da ave. Os microrganismos patogênicos são Proteobacteria, Protozoa, Apicomplexa, Tenericutes e Firmicutes, colonizam o lúmen do trato gastrointestinal da ave sem ocasionar danos, entretanto, quando há disbiose os agentes patogênicos se multiplicam provocando lesões na mucosa intestinal podendo causar distúrbios entéricos, por vezes irreversíveis. A microbiota benéfica é capaz de estimular o sistema imune com a produção de células T, diminuindo o processo inflamatório e a produção de imunoglobulina A, G e M. As Bifidobacterium influenciam a proliferação de macrófagos potencializando o sistema imunológico do animal, além de produzir bacteriocinas que inibe a multiplicação de patógenos (Salmonella spp. e Clostridium perfringens). Os Lactobacillus spp. estimulam a secreção de imunoglobulinas, lactato e acetato e inibem a adesão de patógenos ao epitélio intestinal. Os Bacteroides spp. e Bifidobacterium spp. instituem ácidos graxos voláteis e suprimem a toxicidade da Salmonella spp., Escherichia coli e Campylobacter spp.. A espécie Bacteroides fragilis estimula a produção de células T com o objetivo de diminuir a inflamação. O objetivo principal é revisar as informações científicas disponíveis sobre o o microbioma intestinal das aves e sua importância, detalhando sua composição e correlação com o sistema imunológico.