Lingüística de interações moleculares

Abstract

As moléculas biológicas mais interessantes são longos polímeros. Em analogia com a linguagem humana alfabética, estes podem ser chamados de textos, e analisados, quanto à estrutura primária, como sequência de letras (monômeros; como nucleotídeos, aminoácidos, etc.) ou de palavras (códigos de oligômeros, de até 5-6 letras). Considera-se que o estudo das palavras, em abordagem de tipo lingüístico, possa contribuir para o entendimento das interações (comunicações) moleculares. As linguagens e dialetos, moleculares e humanos, são contrastados. A linguagem molecular se distingue peculiarmente da humana, por exemplo, por utilizar forma tridimensional, dinâmica temporal, ausência de espaçamento e pontuação, e sobreposição de significados. Apresenta-se um método matemático para descoberta, de palavras em textos. A palavra AAA (trinca de adeninas) foi estudada na evolução do RNA ribossômico 5S. Observou-se que esta palavra é mais freqüente em organismos menos complexos e menos freqüente nos mais complexos, das linhagens de fungos, plantas e vertebrados. Nas duas últimas, reduziu-se também o grau de variabilidade gênica. Pelo contrário, grau moderado de freqüência da palavra persistiu em toda a linhagem dos invertebrados, com manutenção paralela de alto nível de variabilidade gênica. Nas mitocôndrias, plastídeos e micoplasmas, a freqüência da palavra AAA foi aumentada, de acordo com sua necessidade de interações com maior amplitude de variação. Esses comportamentos indicam que a palavra monótona AAA permite ambigüidade de interações. Com a evolução da complexidade orgânica e da maior especificidade molecular, as palavras ambíguas foram progressivamente evitadas.

Back to Darwin and Popper

“…The correct sense of a message written in the DNA depends on the context in which they are read, in this case, the cellular system (Tapper 1989;Pardini and Guimaraes 1992;Guimaraes, 1992). Thus, to draw an analogy, just as in the English language a sequence of letters like TOGETHER may read either &dquo;together&dquo; or &dquo;to get her,&dquo; so in the &dquo;cell language,&dquo; a DNA sequence like ATGTGC may read either &dquo;atgtgc&dquo; or &dquo;atg&dquo; &dquo;tgc.&dquo; The messages conveyed by these two alternative combinations of code words can be as radically different as are the messages which, in the English language, are conveyed by the terms &dquo;together&dquo; and &dquo;to get her&dquo; (Guimaraes 1991). This means that code words, by themselves, are not able to specify the amino acid that must be joined to the polypeptide chain which is being formed.…”

Estatuto biológico do processamento de informação mental

“…O advento da genética molecular contribuiu tanto para o entendimento da natureza do sistema vivo quanto para o conhecimento de seus princípios de funcionamento. A descoberta da estrutura físico-quúnica do material genético, do processo de produção de proteÚlas e do papel regulador das mesmas no metabolismo veio a fo rnecer os mecanismos básicos para o entendimento da organização biológica, e, por outro lado, a noção de "código ", antes restrita ao estudo do genótipo e agora ampliada para o estudo dos diversos processos de interação molecular no sistema vivo (11), permite a formulação das regras de funcionamento , as quais, embora não tenham o grau de generalidade das leis físicas, permitem lidar com as diferentes fonnas de processos moleculares que ocorrem em cada espécie, servindo, inclusive , para determinar a variabilidade destas, e para traçar linhas de familiaridade filogenética (11). Como se sabe, a idéia básica foi a de associar letras aos radicais dos ácidos nucléicos, e "pa lavras" (codons) às seqüências de radicais que têm um papel significativo na sÚltese…”