Extração de DNA genômico de tecidos foliares maduros de espécies nativas do cerrado

Abstract

-(Genomic DNA extraction from mature leaf tissue of native species). Great amounts of contaminants ( 0.0; 0.2; 10 ; 15; 25 and 50 uL β-mercaptoethanol/ml from the extraction buffer: 100mM pH 8 ; 20 mM EDTA, 1.4 M NaCl ; 2% CTAB; 1% PVP ). The procedure was tested on mature leaves of Annona crassiflora (araticum), Eugenia dysenterica (cagaita), Anacardium humilis (caju-do-campo), Hancornia speciosa (mangaba) e Caryocar brasiliensis (pequi ).The protocol was efficient in the isolation of polysaccharide and polyphenol-free DNA of high molecular weight using β-mercaptoethanol concentrations of over 1 % in the extraction buffer. The purity of thereby isolated DNA isolated was high according to the di-gestion analyses by PCR restriction and amplification.RESUMO -(Extração de DNA genômico de tecidos foliares maduros de espécies nativas). Grandes quantidades de contaminantes na amostra de DNA dificultam a obtenção de DNA genômico de qualidade durante a extração. A presença de polissacarídeos, fenóis e outros compostos secundários representa o principal problema com o procedimento de isolamento do DNA e sua aplicação subsequente, por inibir a atividade das enzimas Taq DNA polimera-se e enzimas de restrição. Neste estudo, descreveu-se um procedimento modificado baseado no hexadecyltrimethylammonium (CTAB), rendendo DNA genômico satisfatório para técnicas de manipulação subsequente, como reações de PCR e digestão com enzima de restrição. Nesse protocolo foram utilizadas diferentes concentrações de β-mercaptoetanol no tampão de extração (0,0; 0,2; 10; 15; 25; e 50 uL de β-mercaptoetanol/mL do tampão de extração: 100 mM de Tris-HCl, pH 8; 20 mM de EDTA; 1,4 mM de NaCl; 2% de CTAB; 1% de PVP), cujo procedimento foi aplicado no caso de folhas maduras e testado em Annona crassiflora (arati-cum), Eugenia dysenterica (cagaita), Anacardium humilis (caju-do-campo), Hancornia speciosa (mangaba) e Caryocar brasiliense (pequi). O protocolo foi eficiente no isolamento de DNA livre de polissacarídeos e polifenóis, com rendimento do DNA com alto peso molecu-lar, utilizando-se concentrações a partir de 1% de β-mercaptoetanol no tampão de extração. O DNA isolado por esse método mostrou alta pureza, de acordo com as análises de digestão por restrição e amplificação por PCR.Palavras-chave: Annona crassiflora (araticum). Eugenia dysenterica (cagaita). Anacardium humilis (caju-do-campo).

Variabilidade genética de Eugenia uniflora L. em remanescentes florestais em diferentes estádios sucessionais

“…A extração do DNA total seguiu o protocolo descrito por Silva (2010). Na reação de amplificação, foi utilizada a reação descrita por Williams et al (1990), com algumas modificações.…”

Research Article Improved methods for storing and extracting DNA from <i>Ilex</i> <i>paraguariensis</i> (Aquifoliaceae) tissue samples

“…Many species produce natural substances that can interfere with DNA isolation and purification. These substances include polyphenols, polysaccharides, and other secondary metabolites, which exhibit intraspecific variations (Silva, 2010;Agbagwa et al, 2012;Corrêa et al, 2013). Among these substances, known as contaminants, the polysaccharides were observed in 6% of the evaluated mate leaves samples (in three plants), giving the final product a viscous and unusual appearance in PCR.…”

Coletânea bibliográfica acadêmica sobre a mangabeira (Hancornia speciosa Gomes)

“…Os nove estudos desta subárea se concentraram em estimar a variabilidade genética em populações naturais de mangabeiras em diferentes regiões no país (Martins et al 2012;Moura et al 2011;Silva et al 2012;Silva et al 2013;Silva et al 2011a), conservar a variabilidade genética através da implantação de um Banco Ativo de Germoplasma de Mangaba da Embrapa Tabuleiros Costeiros (Silva Júnior et al 2007a) e avaliar a variabilidade genética depositada neste banco ; outro trabalho semelhante avaliou a variabilidade genética de mangabeiras do Banco de Germoplasma da Universidade Federal de Goiás (Ganga et al 2009); e, ainda, desenvolver uma técnica para extração de DNA genômico de qualidade a partir de tecidos foliares maduros de espécies nativas do cerrado, incluindo a mangaba, para fins de utilização em manipulações subsequente (Silva 2010).…”