Caracterização da região 5'-terminal de um isolado brasileiro do Southern bean mosaic virus<a href="#back1"></a>

Abstract

O presente trabalho caracteriza a região 5'-terminal de um isolado do Southern bean mosaic virus encontrado no Estado de São Paulo (SBMV-SP). O RNA foi extraído de partículas virais purificadas e submetido a RT-PCR usando oligonucleotídeos desenhados para amplificar cerca de 590 nt da região 5'-terminal do RNA viral. Foi obtido um fragmento de tamanho esperado que, após clonagem e seqüenciamento, mostrou a existência de uma região não codificadora com 92 nt e a primeira ORF, começando no primeiro AUG (posição 93) e terminando no códon UGA na posição 534. Na região não codificadora foi detectado um segmento parcialmente complementar ao RNA ribossomal 18S. A ORF1 codifica uma proteína de 147 aminoácidos com massa molecular estimada de 17080 Da. A extremidade 3' da ORF1 sobrepõe a extremidade 5' da ORF2 em 34 nucleotídeos. Os resultados obtidos indicam que a região 5'-terminal do RNA do SBMV-SP é similar ao isolado Arkansas (SBMV-ARK) descrito na América do Norte.

Completion of the Nucleotide Sequence of a Brazilian Isolate of Southern bean mosaic virus

“…The sequence that starts at position 2173 is GGGGTCC, not GGGAGTCC, and the one starting at position 2217 is GAA instead of TAA. Together, the ORF2 sequence reported here and those previously described from the 5′ end (Espinha et al., 2004) and the 3′ end (Espinha et al., 2005) show that the SBMV SP genome is 4132 nt long (GenBank ). The 5′ end starts with an untranslated region with 92 nt and the first open reading frame (ORF1), starting at the first AUG at position 93 and ending at a UGA stop codon at position 536.…”

“…In Brazil, SBMV was first detected in bean plants in the Federal District region (Cupertino et al., 1982), and later in the States of São Paulo (Costa, 1987) and Paraná (Gasparin et al., 2005). Some molecular properties of the São Paulo isolate (SBMV SP ) were determined (Moreira and Gaspar, 2002), and the 5′ and 3′ termini were sequenced (Espinha et al., 2004, 2005). The SBMV SP coat protein sequence showed identity of nucleotides and amino acids of 91 and 93%, respectively, with the Arkansas isolate (SBMV ARK ) described in the USA (Lee and Anderson, 1998).…”

Caracterização da região 3'-terminal do genoma de um isolado brasileiro do Southern bean mosaic virus

“…A região 5'-terminal do SBMV-SP foi caracterizada (Espinha et al, 2004), evidenciando-se uma região não codificadora, com 92 nt, precedendo o códon de iniciação da ORF1. Nesta região está contido um segmento parcialmente complementar ao RNA ribossomal.…”

“…Os 61 aminoácidos terminais da ORF2 sobrepõem a ORF 4 e apresentam 92% de identidade com o SBMV-ARK (Figura 1). Essa sobreposição, assim como aquela existente entre as ORF1 e a ORF2 do SBMV-SP (Espinha et al, 2004), corroboram a proposta de Lee & Anderson (1998) de que deve ter ocorrido erro no seqüenciamento do SBMV (Othaman & Hull, 1995), já que este isolado apresenta somente três ORFs que não se sobrepõem, diferenciando-se dos demais sobemovírus que possuem quatro ORFs sobrepostas.…”