Coleções científicas são fundamentais aos estudos da biodiversidade e desde 2014, o “Instituto de Estudos do Mar Almirante Paulo Moreira (IEAPM)” mantém um acervo científico dedicado aos organismos bentônicos e incrustantes, objetivando garantir informações para as linhas de pesquisa relacionadas a Taxonomia/Sistemática, Filogeografia, Biogeografia e Bioinvasão. No momento, a coleção científica contém cerca de 1.200 espécimes dos principais grupos taxonômicos bentônicos, como Algae, Porifera, Cnidaria, Polychaeta, Mollusca, Crustacea, Bryozoa, Ascidiacea, além de uma coleção de tecidos. Os moluscos são a parte mais representativa do acervo, correspondendo a aproximadamente 32%,especialmente Gastropoda e Bivalvia, com destaque para as famílias Mytilidae, Ostreidae, Vermetidae e Calyptraeidae. A Coleção Científica do IEAPM representa um importante panorama da biodiversidade marinha, principalmente para o Estado do Rio de Janeiro.