Introdução a modelagem molecular de fármacos no curso experimental de química farmacêutica

Carvalho, Ivone; Pupo, Mônica Tallarico; Borges, Áurea Donizete Lanchote; Bernardes, Lílian Sibelle Campos

doi:10.1590/s0100-40422003000300023

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“…Nas últimas duas décadas, foram publicados artigos de revisão sobre QSAR/QSPR, 14,15 artigos abordando metodologias de QSAR/ QSPR, [16][17][18][19][20] e de suas aplicações, [21][22][23][24] além de revisões sobre modelagem molecular [25][26][27][28] em língua portuguesa. Contudo, não existe até o presente momento nenhum artigo científico que apresente a quimioinformática ao público acadêmico e científico em português.…”

Section: E Posteriormente Journal Of Chemical Information and Computerunclassified

Quimioinformática: Uma Introdução

Alves¹,

Braga²,

Muratov³

et al. 2017

Quim. Nova

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publicado na web em 08/11/2017 CHEMINFORMATICS: AN INTRODUCTION. Cheminformatics is an interdisciplinary field between chemistry and informatics, which has evolved considerably since its inception in the 1960s. Initially, the cheminformatics community dealt primarily with practical and technical aspects of chemical structure representation, manipulation, and processing, while modern research explores a new role: the exploration and interpretation of large chemical databases and the discovery of new compounds with desired activity and safety profiles. Despite the recent release of several hallmark reviews addressing methods and application of cheminformatics written in Portuguese, so far there are no scientific articles presenting cheminformatics research to the Brazilian scientific community yet. To address this gap, we aim to introduce the field of cheminformatics to both students and researchers in a simple and didactic way by narrating important historical facts and contextualizing information within the scope of various applications.Keywords: cheminformatics; QSAR; chemical similarity; structure representation, property prediction; virtual screening. INTRODUÇÃOA quimioinformática é uma ciência interdisciplinar que utiliza recursos das ciências da computação e informação para resolver problemas da química.1 O termo quimioinformática foi cunhado por Frank Brown em 1998, definindo-a como "mistura de recursos de informação para transformar dados em informação e informação em conhecimento, no intuito de tomar decisões melhores e mais rápidas na área de identificação e otimização de compostos líderes".2 Em uma definição mais abrangente, em 1999, Greg Paris, então pesquisador da companhia farmacêutica Novartis, definiu a quimioinformática como "um termo genérico que engloba a concepção, criação, organização, gestão, recuperação, análise, disseminação, visualização e utilização de informação química". Sciences (1975Sciences ( -2005, chegando no nome atual em 2005 (http://pubs.acs.org/toc/jcisd8/current). Nesse intervalo, várias áreas que hoje compõem a quimioinformática foram se consolidando como (i) representação, visualização, manipulação e processamento de estruturas químicas, (ii) organização de bases de dados de estruturas químicas e (iii) estudos das relações quantitativas entre estrutura e atividade/propriedade (QSAR/QSPR, do inglês, quantitative structure-activity/property relationships). 5O campo da quimioinformática evoluiu bastante, passando de aspectos práticos e técnicas de representação, manipulação e processamento de estruturas químicas individuais até o seu papel primordial na atualidade: exploração de bases de dados químicas e descoberta de novos compostos com atividade e/ou propriedade desejadas. Ao se explorar bases de dados é possível extrair várias informações que auxiliam na compreensão do comportamento de determinado grupo de compostos e é possível gerar modelos computacionais que são utilizados para predizer a atividade de moléculas que carecem de dados experimentais, ou seja, dados de ensai...

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Section: E Posteriormente Journal Of Chemical Information and Computerunclassified

Quimioinformática: Uma Introdução

Alves¹,

Braga²,

Muratov³

et al. 2017

Quim. Nova

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“…Then is possible to request the construction of 3D spatial form of the species studied, which triggers another window where the academic can rotate tridimensionally the species studied, in addition to observing these species in different visualizations with possibility to visualize bonds and spatial arrangement of species prominently in each of these representations. The design and visualization of 3D drugs, with steric factors relevant to biological activity, are important for analysis of the size, volume and shape of the molecules [70]. The Molekel is a free software multiplatform molecular visualization.…”

Section: Computational Chemistry Software For Calculating Molecular Pmentioning

confidence: 99%

“…To obtain the conformational analysis and energy minimization, we can cite: the program Chem3D [69] widely used in studies with this objective [70]. However, other programs like Molecular Modeling Pro [71], ChemSite (ChemSW) [72], Alchemy, Sybyl, ChemX, cache and WebLab Viewer are also available.…”

Section: Computational Chemistry Software For Calculating Molecular Pmentioning

confidence: 99%

Application of Hartree-Fock Method for Modeling of Bioactive Molecules Using SAR and QSPR

Santos¹,

Lobato²,

Braga³

et al. 2014

CMB

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The central importance of quantum chemistry is to obtain solutions of the Schrödinger equation for the accurate determination of the properties of atomic and molecular systems that occurred from the calculation of wave functions accurate for many diatomic and polyatomic molecules, using Self Consistent Field method (SCF). The application of quantum chemical methods in the study and planning of bioactive compounds has become a common practice nowadays. From the point of view of planning it is important to note, when it comes to the use of molecular modeling, a collective term that refers to methods and theoretical modeling and computational techniques to mimic the behavior of molecules, not intend to reach a bioactive molecule simply through the use of computer programs. The choice of method for energy minimization depends on factors related to the size of the molecule, parameters of availability, stored data and computational resources. Molecular models generated by the computer are the result of mathematical equations that estimate the positions and properties of the electrons and nuclei, the calculations exploit experimentally, the characteristics of a structure, providing a new perspective on the molecule. In this work we show that studies of

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“…De fato, encontramos pesquisas internacionais [5][6][7] e nacionais 8,9 sobre o ensino dessa disciplina em cursos de Farmácia que destacam a necessidade de estratégias que fomentem a articulação necessária entre os diferentes campos de conhecimento envolvidos na Química Medicinal.…”

Section: Introductionunclassified