Distância genética entre linhagens avançadas de germoplasma de algodão com uso de marcadores de RAPD e microssatélites

Menezes, Ivandilson Pessoa Pinto de; Hoffmann, Lúcia Vieira; Alves, Milena Ferreira; Morello, C. de L.; Barroso, Paulo Augusto Vianna

doi:10.1590/s0100-204x2008001000012

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“…Although there may be exceptions, there was high similarity between most of the genotypes tested, agreeing L. F. Araújo et al with other work already done on strains of upland cotton (BERTINI et al, 2006;MENEZES et al, 2008;RAHMAN et al, 2002;ULLAH, I. et al 2012;ZHANG et al, 2005). According to McCarty et al, (2007), breeding programs for cotton present a narrowing of the genetic base, which requires detailed genealogical studies into the parent plants used in these programs in order to avoid related crossings.…”

Section: Resultssupporting

confidence: 79%

“…According to Menezes et al (2008), the similarity between the cultivars BRS Ipê and CNPA ITA 90 is high, due to the first having been obtained through a selection within the second. Although there may be exceptions, there was high similarity between most of the genotypes tested, agreeing L. F. Araújo et al with other work already done on strains of upland cotton (BERTINI et al, 2006;MENEZES et al, 2008;RAHMAN et al, 2002;ULLAH, I. et al 2012;ZHANG et al, 2005).…”

Section: Resultsmentioning

confidence: 99%

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The use of different clustering methods in the evaluation of genetic diversity in upland cotton

Araújo¹,

Almeida²,

Bertini³

et al. 2014

Rev. Ciênc. Agron.

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-The continuous development and evaluation of new genotypes through crop breeding is essential in order to obtain new cultivars. The objective of this work was to evaluate the genetic divergences between cultivars of upland cotton (Gossypium hirsutum L.) using the agronomic and technological characteristics of the fibre, in order to select superior parent plants. The experiment was set up during 2010 at the Federal University of Ceará in Fortaleza, Ceará, Brazil. Eleven cultivars of upland cotton were used in an experimental design of randomised blocks with three replications. In order to evaluate the genetic diversity among cultivars, the generalised Mahalanobis distance matrix was calculated, with cluster analysis then being applied, employing various methods: single linkage, Ward, complete linkage, median, average linkage within a cluster and average linkage between clusters. Genetic variability exists among the evaluated genotypes. The most consistant clustering method was that employing average linkage between clusters. Among the characteristics assessed, mean boll weight presented the highest contribution to genetic diversity, followed by elongation at rupture. Employing the method of mean linkage between clusters, the cultivars with greater genetic divergence were BRS Acacia and LD Frego; those of greater similarity were BRS Itaúba and BRS Araripe.Key words: Gossypium hirsutum L.. Fibre quality. Agronomic characteristics.RESUMO -A geração e avaliação contínua de novos genótipos, por meio do melhoramento genético, é fundamental para a obtenção de novas cultivares. Foi o objetivo deste trabalho avaliar a divergência genética entre cultivares de algodoeiro herbáceo (Gossypium hirsutum L.), por meio de características agronômicas e tecnológicas da fibra, visando à seleção de parentais superiores. O experimento foi implantado na Universidade Federal do Ceará, Fortaleza/CE, em 2010. Foram usadas 11 cultivares de algodão herbáceo, utilizando o delineamento experimental em blocos casualizados, com três repetições. Para avaliação da divergência genética entre as cultivares foi obtida a matriz de distâncias generalizada de Mahalanobis, e em seguida, realizado agrupamento por diferentes métodos, sendo eles o método da ligação simples, de Ward, da ligação completa, da mediana, da ligação média dentro de grupo e da ligação média entre grupo. Há variabilidade genética entre os genótipos avaliados. O método de agrupamento que apresentou maior consistência foi a ligação média entre grupo. O peso médio do capulho apresentou a maior contribuição para a diversidade genética, seguida do alongamento à ruptura dentre os caracteres avaliados. As cultivares de maior divergência genética, usando o método de ligação média entre grupo, foram a BRS Acácia e LD Frego; as de maior similaridade foram a BRS Itaúba e BRS Araripe. Palavras-chave:Gossypium hirsutum L.. Qualidade da fibra. Características agronômicas.*Autor para correspondência 1 Recebido para publicação em 02/06/2012; aprovado em 03/12/2013 Parte da Monografia do ...

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Section: Resultssupporting

confidence: 79%

Section: Resultsmentioning

confidence: 99%

The use of different clustering methods in the evaluation of genetic diversity in upland cotton

Araújo¹,

Almeida²,

Bertini³

et al. 2014

Rev. Ciênc. Agron.

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“…Exemplos de eficiência na utilização de técnicas multivariadas foram encontrados em experimentações de culturas como algodão (MENEZES et al, 2008), aveia (VIEIRA; CARVALHO; OLIVEIRA, 2005), feijão (CEOLIN et al, 2007), milho (COIMBRA et al, 2010), trigo (BERTAN et al, 2009) e arroz (AREIAS et al, 2006;BENITEZ et al, 2011;MARTINS et al, 2005;SILVA et al, 2011;VANNIARAJAN;VINOD;PEREIRA, 2012 Neste contexto e, considerando-se a estreita base genética das cultivares elites de arroz irrigado utilizadas no Brasil, existe uma necessidade de incremento de variabilidade genética dentro destes programas. Logo, este trabalho objetivou avaliar acessos de arroz irrigado quanto aos caracteres morfológicos e estimar as suas distâncias genéticas para discriminação de acessos com a utilização de análises multivariadas.…”

Section: Introductionunclassified

Phenotypic variability in genotypes of irrigated rice via multivariate analysis

Streck

Aguiar

Júnior

et al. 2017

Revista Ciência Agronômica

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“…Para extração de DNA de folhas, foram coletadas amostras de 50 a 100 mg de folhas jovens de algodoeiros, e procedeu-se basicamente da mesma maneira que Menezes et al (2008). O tecido foliar foi colocado em microtubos de capacidade de 1,5mL e submergidas em nitrogênio líquido.…”

Section: Methodsunclassified

“…As reações foram realizadas Validação de métodos laboratoriais aplicadas a análises com marcadores microssatélites conforme Menezes et al (2008). Após cada reação foram adicionados 10 μL de azul de bromofenol, e os fragmentos de DNA produzidos foram separados em gel de desnaturante de poliacrilamida a 6% (acrilamida: bisacrilamida 19:1), e uréia 7M.…”

Section: Methodsunclassified

Validação de métodos laboratoriais aplicadas a análises com marcadores microssatélites

et al. 2010

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Resumo -A troca de informação sobre biodiversidade e a utilização de recursos genéticos podem ser melhor realizadas se os laboratórios que geram as informações puderem demonstrar que seus resultados são confiáveis através de metodologias adequadas de validação. Para definir critérios que sirvam para demonstrar a confiabilidade de resultados em laboratórios onde são realizadas pesquisas com marcadores de DNA, foram analisados erros associados à quantificação de DNA em gel de agarose e à repetitividade e robustez da reação da polimerase em cadeia (PCR) utilizando primers baseados em marcadores microssatélites (SSR). O erro associado à quantificação de DNA foi menor quando 100 ng foram quantificadas, e aumentou para quantidades de DNA maiores, com a tendência de subestimar sua quantidade. O limite de quantificação, entendido como as menores diferenças de quantidade de DNA que o método detecta, variou expressivamente com pequena variação da quantidade de DNA. A incerteza associada ao PCR foi estimada por sua repetitividade, que mostrou-se sensível à quantidade de DNA da reação. A baixa robustez da PCR quanto à quantidade de DNA demonstra a necessidade prioritária de avaliação deste parâmetro. As considerações feitas podem ser auxiliares para que laboratórios de marcadores moleculares utilizem procedimentos de validação. Palavras-chave -Genética Vegetal. Microssatélites. Laboratórios biológicos -controle de qualidade.Abstract -Biodiversity information exchange and the use of genetic resources can be improved if the laboratories are able to assure their results thought suitable methodologies of validation. Aiming to define criteria which demonstrate the reliability of results in laboratories which work with DNA markers, errors associated to the DNA quantification in agarose gel, PCR repeatability and robustness using microsatellite (SSR) markers were analyzed. The error associated to DNA quantification was smaller when 100 ng of DNA were quantified, and increased for greater amounts of DNA, tending to sub estimations. Quantification limits, or the smallest quantity detected by the method used, varied markedly with small variations on the DNA amounts. Uncertainty associated to microsatellite PCR reaction was measured by its repeatability, which was affected by the quantities of DNA in the reaction. The low robustness of the microsatellite PCR reaction due to sensibility to quantities of DNA showed the priority on evaluating this parameter. The presented methodologies may be useful to laboratories working with molecular markers implementing validation procedures.

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Distância genética entre linhagens avançadas de germoplasma de algodão com uso de marcadores de RAPD e microssatélites

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The use of different clustering methods in the evaluation of genetic diversity in upland cotton

The use of different clustering methods in the evaluation of genetic diversity in upland cotton

Phenotypic variability in genotypes of irrigated rice via multivariate analysis

Validação de métodos laboratoriais aplicadas a análises com marcadores microssatélites

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