Técnicas multivariadas na determinação da diversidade genética em gergelim usando marcadores RAPD

Abstract

Resumo -O objetivo deste trabalho foi comparar diferentes técnicas multivariadas na caracterização de 35 genótipos de gergelim mediante 769 marcadores RAPD. As distâncias genéticas foram obtidas pelo complemento aritmético do coeficiente de Jaccard e agrupadas pelos métodos hierárquicos do vizinho mais próximo, do vizinho mais distante, das médias aritméticas não ponderadas (UPGMA), do método de otimização de Tocher e análises de coordenadas principais. O agrupamento dos genótipos foi alterado em função dos diferentes méto-dos usados. Adotando-se a mesma distância genética (0,36) como valor de corte, diferenciaram-se quatro grupos no método do vizinho mais próximo, 13 para o vizinho mais distante, 11 no UPGMA e quatro no Tocher. Entre os métodos hierárquicos, o UPGMA apresentou o melhor ajuste das distâncias originais e estimadas (CCC = 0,89). As análises das coordenadas principais confirmaram a baixa diversidade existente entre os genótipos. A maior divergência ocorreu entre as cultivares Seridó 1 e Arawaca 4, e a menor, entre os genótipos VCR-101 e GP-3314. As três primeiras coordenadas principais contabilizaram 35,13% do total da variabilidade, e 18 autovalores foram necessários para explicar 81% da variação genética. Os métodos UPGMA, de otimização de Tocher, e as análises de coordenadas principais são complementares na formação dos grupos.Termos para indexação: Sesamum indicum, análise de agrupamento, coordenadas principais. Multivariate techniques for the determination of genetic diversity in sesame using RAPD markersAbstract -The objective of this work was to compare different multivariate techniques in the characterization of 35 sesame genotypes using 769 RAPD makers. Genetic distances were obtained from the arithmetic complement of the Jaccard coefficient, and were evaluated by single linkage, complete linkage and unweighted arithmetic average (UPGMA) agglomerative methods, Tocher optimization method and principal coordinate analysis. The clustering structure was altered by the different methods. Adopting the same genetic distance (0.36) as value of cut, four groups were discriminated in single linkage, 13 in complete linkage and 11 in UPGMA; the Tocher's optimization methods formed four groups. Among the hierarchical clustering methods, UPGMA showed the best adjust for estimated and originals distances (CCC = 0.89). Principal coordinates analyses confirmed the low diversity among genotypes. The highest divergence occurred between Seridó 1 and Arawaca 4 cultivars, and the minor, between VCR-101 and GP-3314 genotypes. The three first principal coordinates responded for 35.13% of the variability, and 18 autovalues were necessary to explain 81% of the genetic variation. UPGMA, Tochers' optimization and the principal coordinates analyses are complementary in the clusters formation.

Diversidade genética de acessos do banco de germoplasma de mangaba em Sergipe

“…O emprego de mais de um método de agrupamento, em decorrência das diferenças na hierarquização, na otimização e na ordenação dos grupos, permite que a classificação se complemente em função dos critérios que cada técnica utiliza, além de impedir que inferências errôneas sejam adotadas na alocação de materiais, dentro de um determinado subgrupo de genótipos (Arriel et al, 2006 Ao analisar conjuntamente as informações entre o agrupamento UPGMA e a ACoP, observou-se que o acesso IP6 é o mais divergente, por estar isolado entre os agrupamentos. O grupo V da análise de coordenadas agrupou partes dos grupos G5, G6 e G7 do agrupamento UPGMA.…”

Study of the genetic variability, correlation and importance of phenotypic characteristics in cactus pear (Opuntia and Nopalea)

“…According to the dendrogram obtained by hierarchical clustering method UPGMA, the cactus pear varieties were gathered into three groups, considering the cut of 38% of relative genetic distance, according to the criterion mentioned by Arriel et al (2006) and Cruz et al (2012), in which the high-level change points are considered delimiters of the number of genotypes for a certain group. Group I was composed by genotypes 1, 3, 4, 5 and 6; II group by 2; and group III by 7 (Figure 1).…”

Variabilidade e divergência genética entre genótipos de tucumanzeiro-do-pará (Astrocaryum vulgare Mart.) promissores para a produção de frutos por marcadores rapd

“…Sera et al (2003), ao avaliarem 14 genótipos elites de café por marcadores RAPD, constataram que as três primeiras coordenadas foram responsáveis por 53,8% da variação dos dados. Por sua vez, Arriel et al (2006) obtiveram 35,13% de variação em 35 genótipos de gergelim. Com base no exposto, acredita-se que a dispersão gráfica conseguiu representar, de alguma forma, a variabilidade genética existente entre as matrizes de tucumã.…”

“…Daher et al (2002), utilizando essas mesmas metodologias em coqueiro, encontraram resultados semelhantes ao apresentado neste trabalho, em que apenas um dos grupos formados pelo método de Tocher foi coincidente com os grupos da metodologia UPGMA. Arriel et al (2006) ressaltam a utilização de mais de um método de agrupamento, em razão das diferenças na hierarquização, otimização e ordenação dos grupos, pois permite a complementaridade dos mesmos, impedindo que inferências errôneas sejam adotadas na alocação dos materiais, dentro de um determinado subgrupo, e sugerem que os métodos de hierarquização UPGMA e de otimização de Tocher sejam usados em conjunto.…”

“…Pois, segundo Arriel et al (2006), a interpretação por mais de um método reduz inferências errôneas. Esses resultados indicam que, apesar de as 29 plantas-matrizes terem sido selecionadas para a produção de frutos, esse grupo de genótipos ainda apresenta alto grau de polimorfismo, como exemplificado na Figura 1, o que sugere grande heterozigose entre esses materiais, fornecendo indícios de que possuam ampla variabilidade e expressem forte divergência genética.…”