A interação Universidade-Empresa (U-E) é propulsora do desenvolvimento científico tecnológico e, consequentemente, econômico e social nos países em desenvolvimento. No Brasil, contudo, esse processo ainda é recente, em parte porque foi em 2004, com a Lei de Inovação Tecnológica nº 10.973, que as universidades passaram a poder licenciar suas propriedades intelectuais e se a estruturar para tanto por meio de Núcleos de Inovação Tecnológica (NITs). Embora a interação U-E, incluindo o licenciamento, promova diversos benefícios, há dificuldades na sua execução, como as apontadas na literatura. Em Mato Grosso do Sul há universidades, com NITs estruturados e que se destacam, especialmente, pelo número de alunos e cursos oferecidos. A pesquisa buscou verificar, nos NITs de quatro universidades, as principais dificuldades que enfrentam no licenciamento, caracterizando-se como estudo de caso múltiplos, com dados advindos de pesquisa documental e entrevistas com os responsáveis pelos NITs. Os resultados revelaram que, dentre as dificuldades encontradas na literatura consultada, algumas delas também são encontradas nos NITs das universidades sul mato-grossenses estudadas, destacando-se a falta de interação U-E no desenvolvimento prévio de pesquisas. Os resultados podem fomentar ações para atenuar ou solucionar tais dificuldades, de forma a facilitar os processos de licenciamento U-E, promovendo benefícios.