Quantificação de custo e tempo no processo de informatização das coleções biológicas brasileiras: a experiência do herbário do Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro

González, Marcos A. González

doi:10.1590/2175-7860200960315

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“…So, one of the perceived advantages of spreadsheet data entry is that directly related to the speed of data entry. Considering the cost of hiring labor for the typing of samples, this can lead to a considerable reduction in the values of the project (Gonzalez 2009). The automatic check with the official lists saves a lot of time the researcher who could only do this comparison individually, i.e., name by name.…”

Section: Resultsmentioning

confidence: 99%

Tool for validation and import in herbarium database

et al. 2019

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Many biological collections databases feature data quality problems. On the existing computational resources, we present an import tool and data validation. The program applies filters to data submitted through a spreadsheet at the time of data import, streamlining the error-checking process. The validations presented were divided into three categories according to the taxonomic, geographical and general specimen collection data. Its implementation eliminated the errors in the data entry of new vouchers in the Herbarium of the Botanical Garden of Rio de Janeiro.

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Section: Resultsmentioning

confidence: 99%

Tool for validation and import in herbarium database

et al. 2019

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“…Cada módulo tem suas características próprias para melhor lidar com as particularidades do material coletado. (Gonzalez 2009). O cadastro é facilitado e a interface é intuitiva para o usuário.…”

Section: Methodsunclassified

Carolus: um novo sistema gratuito para manipulação eletrônica de coleções botânicas

Siqueira

Filho

2012

Rodriguésia

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IntroduçãoMuito mais do que uma coleção científica compostas por plantas desidratadas, os herbários desempenham um papel único e crítico diante dos esforços globais em amenizar a perda da biodiversidade (Schatz 2002), sustentando um inestimável acervo de plantas e dados que documentam a existência de espécies em um determinado tempo e espaço.As informações contidas em um herbário representam fontes básicas para estudos taxonômicos, florísticos e ecológicos, além de subsidiar trabalhos de biodiversidade, usos medicinais, tóxicos, forrageiros e indústria alimentícia em geral (Barbosa & Peixoto 2003;Peixoto et al. 2009).Diante desta inquestionável importância, fica evidente a necessidade por métodos organizados e sistemáticos de armazenamento e processamento dos dados coletados (Walters 1993;Heywood 2001).Essa organização tornou-se possível com o grande desenvolvimento das tecnologias de informação nas últimas duas décadas, permitindo a criação e gerenciamento eficiente de bancos de dados de grande porte, transformando dados em informação e, por sua vez, a informação em conhecimento para tomada de decisões críticas (Teixeira et al. 1992).Apesar do grande volume de informações geradas diariamente em todas as áreas do conhecimento humano, os dados coletados são importantes apenas quando se consegue classificá-los e organizá-los, tornando-os úteis para pesquisadores e instituições. Este fato torna um banco de dados um dos componentes ResumoEste estudo descreve um novo sistema para manipulação e gerenciamento eletrônico de coleções botânicas. O software descrito foi desenvolvido com objetivo de auxiliar herbários brasileiros no resgate e manutenção segura de registros de espécies de plantas provenientes de diversos ecossistemas nacionais, fornecendo uma ferramenta confiável, com interface amigável, fácil de utilizar e dotado de funcionalidades para cadastro, consultas, atualizações, estatísticas, relatórios, geração de etiquetas, geoprocessamento e banco de imagens. Palavras-chave: banco de dados, coleções botânicas, botânica aplicada. Abstract This study describes a new system for handling and eletronic managing of botanical collections. The software described here was developed in order to give support to herbaria in the task of protecting records of plants species from various national ecosystems, by providing a safe tool, with a friendly interface, easy to use and equipped with features for registration, consultation, updates, statistics, reports, label management, geoprocessing and image database.

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“…The first phases of the project of digitisation and publishing the contents of the RB herbarium occurred between 2005 and 2007, with an investment of around US$254,000 for the incorporation of metadata of 291,630 specimens and digitisation of 10,646 specimens (Gonzales 2009). From 2007 to 2011, the Global Plants Initiative focused on the type specimens that are few in number comparing to the general collection.…”

Section: Additional Informationmentioning

confidence: 99%

“…The collection is completely digitised and it is managed using the JABOT system (Silva et al 2017, Gonzales 2009), which was developed by JBRJ staff. With the implementation of the REFLORA project (Forzza et al 2015a, Nic Lughadha et al 2016), nearly 100% of the mounted specimens were photographed and are available through the public interface of the JABOT system and in other biodiversity portals, such as the Reflora Virtual Herbarium (Forzza et al 2015a), the Brazilian Biodiversity Information System (SiBBr) (Gadelha et al 2014) and the Global Biodiversity Information Facility (GBIF) (Robertson et al 2014).…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Herbarium collection of the Rio de Janeiro Botanical Garden (RB), Brazil

Lanna

Silva

Morim

et al. 2018

BDJ

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BackgroundThis paper provides a quantitative and general description of the Rio de Janeiro Botanical Garden herbarium (RB) dataset. Created over a century ago, the RB currently comprises ca. 750,000 mounted specimens, with a strong representation of Brazilian flora, mainly from the Atlantic and Amazon forests. Nearly 100% of these specimens have been entered into the database and imaged and, at present, about 17% have been geo-referenced. This data paper is focused exclusively on RB's exsiccatae collection of land plants and algae, which is currently increasing by about twenty to thirty thousand specimens per year thanks to fieldwork, exchange and donations. Since 2005, many national and international projects have been implemented, improving the quality and accessibility of the collection. The most important facilitating factor in this process was the creation of the institutional system for plants collection and management, named JABOT. Since the RB is continuously growing, the dataset is updated weekly on SiBBr and GBIF portals.New informationThe most represented environments are the Atlantic and Amazon forests, a biodiversity hotspot and the world's largest rain forest, respectively. The dataset described in this article contains the data and metadata of plants and algae specimens in the RB collection and the link to access the respective images. Currently, the RB data is publicly available online at several biodiversity portals, such as our institutional database JABOT, the Reflora Virtual Herbarium, the SiBBr and the GBIF portal. However, a description of the RB dataset as a whole is not available in the literature.

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Quantificação de custo e tempo no processo de informatização das coleções biológicas brasileiras: a experiência do herbário do Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro

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Tool for validation and import in herbarium database

Tool for validation and import in herbarium database

Carolus: um novo sistema gratuito para manipulação eletrônica de coleções botânicas

Herbarium collection of the Rio de Janeiro Botanical Garden (RB), Brazil

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