Este artigo tem como objetivo investigar a evolução histórica dos conceitos de matéria escura e energia escura, e os conhecimentos existentes sobre estes dois fenômenos, de modo a subsidiar atividades de educação e divulgação científica. A fundamentação teórica para este trabalho foi realizada a partir de uma revisão bibliográfica que permitiu a análise de teses, dissertações, artigos e trabalhos acadêmicos tanto da área de astrofísica, quanto da área de ensino de ciências. A análise bibliográfica realizada envolveu também artigos originais escritos por cientistas como U. Le Verrier, A. Einstein, F. Zwicky, G. Gamow, V. Rubin, S. Perlmutter e A. Riess que estão disponíveis e abertos para serem lidos na internet. Em particular foram investigados o modelo cosmológico padrão, assim como as observações e os dados experimentais existentes. Para colocar em perspectiva os desafios contemporâneos acerca da natureza da matéria escura e da energia escura, são analisados alguns exemplos históricos de dilemas enfrentados no passado pela comunidade científica sobre as órbitas dos planetas Urano e de Mercúrio e acerca da existência de epiciclos, do calórico e do éter luminífero.