O absenteísmo de usuários é considerado um problema crônico mundial na assistência à saúde, tanto no setor público como no privado, levando ao desperdício de recursos. O objetivo do presente estudo foi estimar a taxa e o desperdício de recursos monetários vinculados ao absenteísmo de usuários em consultas e exames especializados, nas diferentes modalidades de gestão no Sistema Único de Saúde (SUS), na Região de Saúde Metropolitana do Espírito Santo (RSM-ES), nos anos de 2014 a 2016. Foram analisados 1.002.719 procedimentos, sendo 666.182 consultas e 336.537 exames agendados nos 38 locais executantes, sendo 07 da administração direta e 31 da indireta. Os dados foram dos registros administrativos do Sistema de Regulação do Estado do Espírito Santo (SISREG-ES). Os valores monetários foram obtidos usando a Tabela SUS, tabela complementar de convênios e tabela de custos estimados, segundo o tipo de prestador. Para consultas, foram encontradas as maiores taxas e valores desperdiçados com o absenteísmo, no serviço privado 42,7% (R$ 2.000,00) e no público 39,1% (R$2.255.320,00). Para exames, no filantrópico 34,9% (4.459.951,03) e no público com gestão OSS 32,4% (R$8.943.943,26). A quantidade de estabelecimentos, a produção e o volume de recursos ofertados pelo SUS para exames especializados se concentram na administração indireta, tendo o setor filantrópico e o público com gestão de OSS como principais provedores. As taxas e os valores desperdiçados nas diferentes modalidades de gestão evidenciam o desafio na agenda dos gestores do SUS para garantir a integralidade da atenção.