Este artigo analisa o efeito das economias de aglomeração sobre a produtividade do trabalho no estado da Bahia no período de 2002 a 2016. A literatura aponta que a produtividade do trabalho depende da estrutura produtiva local e das externalidades de aglomeração. Utilizou-se um modelo de dados em painel dinâmico para estimar indicadores da produtividade do trabalho em nível municipal. O Método dos Momentos Generalizados - \textit{GMM System} – com variáveis instrumentais foi adotado para lidar com a produtividade defasada e os fatores não observados dos municípios. A análise foi feita em duas etapas considerando os municípios fora do Semiárido (Grupo 1) e o conjunto de municípios do Semiárido (Grupo 2). Os resultados mostraram que a produtividade do trabalho defasada exerceu maior influência sobre os níveis de produtividade atuais, principalmente para o Grupo 1. Para ambos os grupos, os coeficientes de especialização (QL) e diversificação setorial (HHM) apresentaram efeito negativo na maioria dos setores analisados. Não foram encontradas evidências de externalidades positivas de aglomeração, a partir do tamanho populacional e das densidades da população e do emprego. As demais variáveis socioeconômicas apresentaram resultados distintos entre os grupos analisados.