Human mitochondrial DNA haplogroup U is among the initial maternal founders in Southwest Asia and Europe and one that best indicates matrilineal genetic continuity between late Pleistocene hunter-gatherer groups and present-day populations of Europe. While most haplogroup U subclades are older than 30 thousand years, the comparatively recent coalescence time of the extant variation of haplogroup U7 (~16–19 thousand years ago) suggests that its current distribution is the consequence of more recent dispersal events, despite its wide geographical range across Europe, the Near East and South Asia. Here we report 267 new U7 mitogenomes that – analysed alongside 100 published ones – enable us to discern at least two distinct temporal phases of dispersal, both of which most likely emanated from the Near East. The earlier one began prior to the Holocene (~11.5 thousand years ago) towards South Asia, while the later dispersal took place more recently towards Mediterranean Europe during the Neolithic (~8 thousand years ago). These findings imply that the carriers of haplogroup U7 spread to South Asia and Europe before the suggested Bronze Age expansion of Indo-European languages from the Pontic-Caspian Steppe region.

BackgroundThe colonization of Eurasia and Australasia by African modern humans has been explained, nearly unanimously, as the result of a quick southern coastal dispersal route through the Arabian Peninsula, the Indian subcontinent, and the Indochinese Peninsula, to reach Australia around 50 kya. The phylogeny and phylogeography of the major mitochondrial DNA Eurasian haplogroups M and N have played the main role in giving molecular genetics support to that scenario. However, using the same molecular tools, a northern route across central Asia has been invoked as an alternative that is more conciliatory with the fossil record of East Asia. Here, we assess as the Eurasian macrohaplogroup R fits in the northern path.ResultsHaplogroup U, with a founder age around 50 kya, is one of the oldest clades of macrohaplogroup R in western Asia. The main branches of U expanded in successive waves across West, Central and South Asia before the Last Glacial Maximum. All these dispersions had rather overlapping ranges. Some of them, as those of U6 and U3, reached North Africa. At the other end of Asia, in Wallacea, another branch of macrohaplogroup R, haplogroup P, also independently expanded in the area around 52 kya, in this case as isolated bursts geographically well structured, with autochthonous branches in Australia, New Guinea, and the Philippines.ConclusionsCoeval independently dispersals around 50 kya of the West Asia haplogroup U and the Wallacea haplogroup P, points to a halfway core area in southeast Asia as the most probable centre of expansion of macrohaplogroup R, what fits in the phylogeographic pattern of its ancestor, macrohaplogroup N, for which a northern route and a southeast Asian origin has been already proposed.Electronic supplementary materialThe online version of this article (doi:10.1186/s12862-017-0964-5) contains supplementary material, which is available to authorized users.

The objective of this study was to identify genes targeted by both copy number and copy-neutral changes in the right coronary arteries in the area of advanced atherosclerotic plaques and intact internal mammary arteries derived from the same individuals with comorbid coronary artery disease and metabolic syndrome. The artery samples from 10 patients were screened for genomic imbalances using array comparative genomic hybridization. Ninety high-confidence, identical copy number variations (CNVs) were detected. We also identified eight copy-neutral changes (cn-LOHs) > 1.5 Mb in paired arterial samples in 4 of 10 individuals. The frequencies of the two gains located in the 10q24.31 (ERLIN1) and 12q24.11 (UNG, ACACB) genomic regions were evaluated in 33 paired arteries and blood samples. Two patients contained the gain in 10q24.31 (ERLIN1) and one patient contained the gain in 12q24.11 (UNG, ACACB) that affected only the blood DNA. An additional two patients harboured these CNVs in both the arteries and blood. In conclusion, we discovered and confirmed a gain of the 10q24.31 (ERLIN1) and 12q24.11 (UNG, ACACB) genomic regions in patients with coronary artery disease and metabolic comorbidity. Analysis of DNA extracted from blood indicated a possible somatic origin for these CNVs.

Представлена вторая версия руководства по интерпретации данных последовательности ДНК человека, полученных методами массового параллельного секвенирования. Первая версия руководства была опубликована в журнале «Медицинская генетика» в 2017 г. Она основана на рекомендациях и руководяcтвах по интерпретации результатов массового параллельного секвенирования (MPS), разработанных в Европе и США ACMG, CAP, ESHG и FDA. Обсуждение документа было проведено на профильных научных мероприятиях в течение 2017-2018 гг. Поступившие замечания и поправки к документу отражены в его текущей версии. This is a second version of guidelines for the interpretation of massive parallel sequencing (MPS) variants. First version was published in Medical Genetics journal in 2017. They were based on ACMG, CAP, ESHG and FDA guidelines and recommendations. Leading authorities on medical genetics and bioinformatics updated and finalized them. First version of guidelines was presented and discussed on all Russian conference «NGS in medical genetics» and all Russian conference «New technologies for diagnosing hereditary diseases». All members of these conferences and members of Russian Society of Medical Genetics could introduce amendments and give comments. Current version include reviewed notes and comments.

Цель. Изучение клинической и прогностической значимости полиморфизма rs1800629 (G-308А) гена TNF у больных инфарктом миокарда с подъёмом сег-мента ST. Материал и методы. В исследование включены пациенты (171 человек), госпитализированные в Кемеровский кардиологический диспансер по поводу инфаркта миокарда с подъёмом сегмента ST давностью до 24 часов и 188 индивидуумов без диагностированных сердечно-сосудистых заболеваний. У всех пациентов был определен генотип по полиморфизму rs1800629 гена TNF. Генотипирование проводили с помощью оригинального ДНК-чипа. Результаты. Изучена ассоциация полиморфного варианта rs1800629 (G-308A) гена TNF с концентрацией фактора некроза опухоли альфа (ФНО-a) в сыво-ротке крови и сердечно-сосудистыми осложнениями у больных с инфарктом миокарда с подъемом сегмента ST (ИМпST). У больных ИМпST (n=171) частота аллеля А rs1800629 составила 11,7% и не отличалась от таковой у здоровых индивидуумов (n=188) -12,2%. Носительство аллеля А ассоциировано с более высокими уровнями ФНО-a, измеренным на 10-14 сутки после ИМ: 11,02 пг/мл против 9,49 пг/мл у гомозигот по аллелю G (р=0,045). При анализе клинического статуса больных с ИМ через год наблюдения выявлено, что аллель А зафиксиро-ван с частотой 19% у больных с прогрессирующей стенокардией против 10% без прогрессирующей стенокардии, с частотой 16% у больных с сердечно-сосу-дистыми осложнениями (ССО) в виде повторных инфарктов, инсультов, неста-бильной стенокардии или смертности от сердечно-сосудистых причин (ком-плексная конечная точка) по сравнению с 9% без ССО, что не было статистиче-ски значимо. Ранее нами было показано, что высокий уровень ФНО-a у больных ИМ связан с риском сердечно-сосудистых осложнений. Однако, в данном исследовании нами не выявлено ассоциации rs1800629 с прогрессированием стенокардии, декомпенсацией хронической сердечной недостаточности и наличием ССО или смертности от сердечно-сосудистых причин через один год после ИМ. Таким образом, аллель А rs1800629 TNF влияет на уровень кон-центрации ФНО-a, но данных за то, что он является самостоятельным факто-ром риска осложнений после ИМ, недостаточно. Заключение. Полученные результаты указывают на возможную прогностиче-скую ценность полиморфизма rs1800629 гена TNF в возникновении повторных сердечно-сосудистых событий у пациентов в течение 12 месяцев наблюдения после развившегося ИМ. Ключевые слова: инфаркт миокарда, прогноз, генетические маркеры, полиморф-ные варианты, фактор некроза опухоли-a, сердечно-сосудистые осложнения.1 ФГБУ Научно-исследовательский институт комплексных проблем сердечно-сосудистых заболеваний СО РАМН, Кемерово; 2 ФГБУ Научно-исследователь-ский институт медицинской генетики СО РАМН, Томск; 3 ГБОУ ВПО Кемеров-ская государственная медицинская академия Министерства здравоохранения Российской Федерации, Кемерово, Россия.Зыков М. В. -к. м.н., научный сотрудник лаборатории патофизиологии мультифокального атеросклероза, Макеева О. А. -к. м.н., в. н.с. лаборато-рии геномной медицины, рук. группы организации научных исследований и информации, Голубенко М. В. -к. б....

1 Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Научно-исследовательский институт комплексных проблем сердечно-сосудистых заболеваний», 650002, Россия, г. Кемерово, Сосновый бульвар, 6; 2 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Кемеровский государственный университет », 650000, Россия, г. Кемерово, ул. Красная, 6; 3 Научноисследовательский институт медицинской генетики, Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук », 634050, Россия, г. Томск, ул. Набережная реки Ушайки, 10 Основные положения • Возникновение инфаркта миокарда напрямую связано с ишемически-реперфузионнным повреждением клеток миокарда и оксидативным стрессом.• Митохондрии кардиомиоцитов обеспечивают функцию клеточного дыхания; структурная и количественная составляющие мтДНК напрямую связаны с рисками развития острых сосудистых катастроф.• Средовые факторы оказывают влияние на функциональный потенциал и структуру мтДНК, что сопровождается нарушениями клеточного дыхания и приводит к развитию заболеваний сердечно-сосудистой системы.Поступила в редакцию: 07.11.18; поступила после доработки: 03.12.18; принята к печати: 24.12.18 Резюме В статье обсуждаются ключевые вопросы о связи качественных и количественных характеристик мтДНК и риска развития атеросклероза и инфаркта миокарда. Проанализированы российские и зарубежные научные публикации, посвященные точковым и делеционным мутациям мтДНК и гетероплазмии в связи с рисками развития сердечно-сосудистых заболеваний и острых сердечно-сосудистых катастроф. Также обсуждается взаимосвязь между кардиоваскулярными событиями и выраженностью оксидативного стресса, количеством копий мтДНК как в клетках, так и в плазме крови. Ключевые слова мтДНК • Сердечно-сосудистые заболевания • Инфаркт миокарда • Полиморфизм • Гетероплазмия • Оксидативный стрессомплексные проблемы сердечно-сосудистых заболеваний К 75 Highlights • Environmental factors may influence the functional potential and structure of mtDNA, which is accompanied by impaired cellular respiration and leads to the development of cardiovascular diseases.• The onset of myocardial infarction is directly related to ischemic-reperfusion injury of myocardial cells and oxidative stress.• Mitochondria in cardiomyocytes ensure cellular respiration; the structural and quantitative components of mtDNA are directly related to the risks of developing acute vascular events. АНАЛИТИЧЕСКИЙ ОБЗОР AbstractThe article discusses key issues on the relationship between the qualitative and quantitative characteristics of mtDNA and the risks of atherosclerosis and myocardial infarction. Russian and international research literature was analyzed regarding point and deletion mutations in mtDNA, including heteroplasmy, related to the risks of developing cardiovascular diseases and acute cardiovascular events. The review also discusses the relationship between cardiovascular events and oxidative stress severity, the number of in...

Increasing evidence suggests that both coding and non-coding regions of sarcomeric protein genes can contribute to hypertrophic cardiomyopathy (HCM). Here, we introduce an experimental workflow (tested on four patients) for complete sequencing of the most common HCM genes (MYBPC3, MYH7, TPM1, TNNT2, and TNNI3) via long-range PCR, Oxford Nanopore Technology (ONT) sequencing, and bioinformatic analysis. We applied Illumina and Sanger sequencing to validate the results, FastQC, Qualimap, and MultiQC for quality evaluations, MiniMap2 to align data, Clair3 to call and phase variants, and Annovar’s tools and CADD to assess pathogenicity of variants. We could not amplify the region encompassing exons 6–12 of MYBPC3. A higher sequencing error rate was observed with ONT (6.86–6.92%) than with Illumina technology (1.14–1.35%), mostly for small indels. Pathogenic variant p.Gln1233Ter and benign polymorphism p.Arg326Gln in MYBPC3 in a heterozygous state were found in one patient. We demonstrated the ability of ONT to phase single-nucleotide variants, enabling direct haplotype determination for genes TNNT2 and TPM1. These findings highlight the importance of long-range PCR efficiency, as well as lower accuracy of variant calling by ONT than by Illumina technology; these differences should be clarified prior to clinical application of the ONT method.

No abstract