The work aimed to show variations in the composition and structure of the phytoplankton community at high water and low water in Iguaçu Falls, Iguaçu River and to examine the influence of these waterfalls and environmental variables on the community. Phytoplankton samples were taken monthly during a year from two sampling stations in the Iguaçu River. A total of 408 taxa were identified, with Bacillariophyceae being the most strongly represented group. A large differentiation in the composition of the phytoplankton was observed between the sampling stations. The total richness and density of the phytoplankton groups was very low in both sample locations, as well as the Shannon diversity index, but the evenness value was generally high. No significant seasonal and spatial difference in the studied features of the phytoplankton community was seen. But, significant seasonal differences were observed when the density and richness of the algae classes were assessed separately. The heterogeneity of the Iguaçu River's characteristics between the sampling sites caused no significant spatial differentiation in the features of the phytoplankton community. However, the seasonal variation of the climatic conditions has significantly influenced the composition and structure of the community in the Iguaçu River.Keywords: lotic ecosystem, potamoplankton, Iguaçu River.Variação espacial e temporal da comunidade fitoplanctônica em um trecho do Rio Iguaçu, Paraná, Brasil ResumoEste trabalho objetivou apresentar a variação da composição e da estrutura da comunidade fitoplanctônica a montante e a jusante das Cataratas do Iguaçu, Rio Iguaçu, Paraná, e verificar a influência destas quedas d'água e das variáveis ambientais sobre esta comunidade. As coletas do material fitoplanctônico foram realizadas mensalmente, durante um ano, em duas estações de amostragem no Rio Iguaçu. Um total de 408 táxons foi identificado, sendo Bacillariophyceae o grupo melhor representado. Uma marcante diferenciação na composição do fitoplâncton entre as estações amostradas foi observada. A riqueza total e a densidade dos grupos fitoplanctônicos foram muito baixas em ambos os locais de coleta, assim como a diversidade de Shannon; contudo, a equitabilidade, de uma maneira geral, foi alta. Não foi observada diferença sazonal e espacial significativa para os atributos da comunidade fitoplanctônica. Entretanto, diferenças sazonais significativas foram observadas quando avaliadas as densidades e riquezas das classes de algas, separadamente. A heterogeneidade das características do Rio Iguaçu entre os locais amostrados não causaram uma diferenciação espacial significativa nos atributos da comunidade fitoplanctônica. Entretanto, a variação sazonal das condições climáticas influenciou significativamente a composição e a estrutura da comunidade no Rio Iguaçu.Palavras-chave: ecossistema lótico, potamoplâncton, Rio Iguaçu.