Resumo: Na clínica médica de equinos, explora-se o perfil hematológico do animal, geralmente, com a finalidade de encontrar alterações que não foram constatadas ao exame clínico. A pesquisa de hematozoários em equinos, muitas vezes, apresenta resultados conflitantes entre o quadro clínico apresentado pelo animal e o resultado laboratorial, levantando a hipótese de que a técnica de pesquisa de hematozoários seja a responsável por falhas diagnósticas. Este estudo visa comparar os valores obtidos em exames hematológicos de 15 equinos de esporte e 15 equinos de tração (carroceiros), levando-se em consideração diferenças como características nutricionais, estado de higidez e tipo de atividade realizada, e comparar as diferentes técnicas de pesquisa de hematozoários, como esfregaço sanguíneo e PCR. Verificou-se que apenas os equinos de tração apresentaram valores médios de hemácias, hematócrito e hemoglobina abaixo do considerado fisiológico para a espécie, embora 100% dos animais, de ambos os grupos experimentais, tenham sido considerados positivos para hemoparasitoses por PCR. Verifica-se a superioridade do método de pesquisa de hemoparasitas por PCR, em comparação com esfregaço sanguíneo, realizado por diferentes técnicas, visto que apenas 33,3% dos animais foram considerados positivos para Theileria equi por esta técnica, enquanto que o PCR revelou 100% de positividade, para Theileria equi, Babesia caballi e infecção mista. Nenhum dos animais estudados foi diagnosticado com Anaplasma phagocytophilum (Ehrlichia equi) e Ehrlichia risticcii (Neoricketsia risticii). Verifica-se, então, que muitos dos diagnósticos de ausência de hemoparasitose por exame hematológico e ou esfregaço sanguíneo são errôneos, devido à baixa sensibilidade da técnica e podem repercutir em falha no tratamento ou disseminação dos hemoparasitos e das hemoparasitoses. Ressalta-se, então, a importância de exames como o PCR na elaboração de diagnóstico definitivo.